结论是：协商解除劳动合同未约定时间支付补偿金，劳动者能申请仲裁。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议，均属于劳动争议范畴。因此，即使双方已经协商解除了劳动合同，但如果在此过程中存在争议或纠纷，特别是关于经济补偿金的支付问题，劳动者仍有权依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
二、可申请仲裁的具体情形
在协商解除劳动合同后，如果用人单位未按照约定支付经济补偿金，劳动者可以就此申请仲裁。例如，双方约定用人单位需支付一个月工资作为经济补偿金，但用人单位未按约定时间支付，劳动者即可申请仲裁要求支付。
三、申请仲裁的注意事项
时效问题：
- 劳动者应在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起一年内提出仲裁申请，否则可能因超过仲裁时效而丧失胜诉权。
证据收集：
- 在申请仲裁前，劳动者应尽可能收集与争议相关的证据，如协商解除劳动合同的协议（其中应明确补偿金的支付金额和时间）、工资支付记录、工作证、考勤记录等。这些证据将有助于在仲裁过程中证明自己的主张。
选择正确的仲裁机构：
- 劳动者应向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。确保选择正确的仲裁机构，以便仲裁程序能够顺利进行。
四、仲裁后的法律程序
- 如果对仲裁结果不满意，或者用人单位不执行仲裁裁决，劳动者可以在规定的期限内向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院会对案件进行全面审查，并作出最终判决。若用人单位仍然不履行判决，劳动者可以申请法院强制执行。
五、建议与提醒
- 在协商解除劳动合同时，建议劳动者与用人单位明确约定经济补偿金的支付金额和时间，并签订书面协议。这样可以在发生争议时，为劳动者提供有力的证据支持。
- 如果用人单位未按照约定支付经济补偿金，劳动者应及时与用人单位沟通协商，并保留好相关证据。如果协商无果，劳动者应尽快向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
作为杨启浩律师，我提醒您在处理此类劳动纠纷时，务必保持冷静和理智，依法依规进行维权。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。