结论：自建房可以和儿子签租房协议，这一行为在法律上是合法的，但需要满足一定的条件并遵循相关法律规定。
法律背景与条件
房屋所有权：
- 自建房的所有权必须明确归属于您。如果房屋是您合法建造并拥有产权，那么您作为房屋的所有权人，有权决定房屋的用途，包括出租。
租赁协议内容：
- 租赁协议应当明确双方的权利和义务，包括但不限于租金、租期、房屋用途、维修责任等。这些条款应当合法、合理，并符合当地法律法规的规定。
- 特别是租金条款，应当遵循市场规律，不得过高或过低，以免被认定为不合理的租金条款而影响协议的效力。
家庭关系不影响合同效力：
- 您与儿子之间的家庭关系并不影响租赁协议的合法性。只要双方自愿、平等地签订协议，并遵守相关法律法规，该协议就是有效的。
法律建议
明确协议条款：
- 在签订租赁协议时，务必明确各项条款，特别是租金、租期、房屋用途等关键内容。这有助于避免未来可能出现的纠纷。
遵守法律法规：
- 确保租赁协议的内容符合当地法律法规的规定。例如，某些地区可能对租金水平、租赁期限等有特定要求，需要您提前了解并遵守。
保留证据：
- 在签订和履行租赁协议过程中，保留好相关证据，如协议文本、租金支付记录等。这些证据在未来可能出现的纠纷中将成为重要的法律依据。
可能的法律后果
如果租赁协议合法有效：
- 双方应当按照协议约定履行各自义务。如果一方违约，另一方有权要求违约方承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
如果租赁协议存在违法情形：
- 例如租金过高或过低、租期过长或过短等不符合法律法规规定的情形，该协议可能被认定为无效或部分无效。此时，双方可能需要重新协商并签订新的协议，或者通过法律途径解决纠纷。
特殊情况考虑
如果房屋存在共有情况：
- 如果自建房并非您一人所有，而是与他人共有（如配偶、其他子女等），那么在签订租赁协议前，需要取得其他共有人的同意。否则，该协议可能因侵犯其他共有人的权益而被认定为无效。
如果涉及税务问题：
- 出租房屋可能涉及税务问题，如房产税、个人所得税等。在签订租赁协议前，建议您了解并遵守相关税务规定，以免因税务问题而引发不必要的麻烦。
总之，自建房可以和儿子签租房协议，但需要满足一定的条件并遵循相关法律规定。如果您在签订或履行租赁协议过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询。