针对您提出的问题“员工不来上班不签离职协议书对公司造成了损失怎么办”，我的结论是：公司可以采取一系列措施来维护自身权益，包括与员工沟通、发送书面通知、依据规章制度处理以及通过法律途径解决等。
与员工沟通：
- 首先，公司应尝试与员工进行沟通，了解其不来上班的具体原因。可能是员工遇到了个人困难、对工作有不满或其他原因。通过沟通，公司可以更好地理解员工的立场，并尝试找到解决问题的方法。
- 如果员工愿意回来上班，公司可以与其协商解决之前的矛盾，并明确工作要求和纪律，以避免类似情况再次发生。
发送书面通知：
- 如果沟通无果，公司应向员工发送书面通知，要求其返回工作岗位或办理离职手续。通知中应明确说明员工的行为已经违反了公司的规章制度和劳动合同，以及可能面临的法律后果。
- 书面通知可以作为公司后续处理的重要依据，证明公司已经采取了合理的措施来解决问题。
依据规章制度处理：
- 公司应依据内部规章制度对员工进行处理。如果规章制度中明确规定了员工旷工或未签离职协议书的处理方式，公司应按照规定执行。
- 例如，公司可以规定旷工达到一定天数视为自动离职，或者对未签离职协议书的员工进行一定的经济处罚（但需注意，经济处罚应合法合规，不得违反劳动法律法规的规定）。
通过法律途径解决：
- 如果员工的行为给公司造成了实际损失，且公司无法通过上述方式解决问题，公司可以考虑通过法律途径来维护自身权益。
- 公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工赔偿因旷工或未签离职协议书给公司造成的损失。在申请仲裁时，公司需要提供充分的证据来证明员工的过错和公司的损失。
- 如果仲裁结果对公司不利，公司还可以向人民法院提起诉讼，要求员工承担法律责任。
在处理此类问题时，公司还需要注意以下几点：
- 保留证据：公司应妥善保留与员工沟通、发送书面通知、依据规章制度处理以及计算损失等相关证据，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
- 合法合规：公司在处理员工问题时，应确保所有措施都合法合规，不得违反劳动法律法规的规定。否则，公司可能会面临法律风险和声誉损失。
- 及时咨询：如果公司在处理此类问题时遇到困难或不确定如何操作，应及时咨询专业律师或法律机构，以获取专业的法律意见和帮助。
最后，我建议您在处理此类问题时保持冷静和理性，依法依规行事。 如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。