结论：合同中标明考勤卡上的时间只作为出入甲方时间的记录，不做加班时间，这样的条款是否合法，需分情况讨论。如果该条款不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿签署，则该条款是合法的；但如果该条款违反了法律法规中关于加班工资支付的规定，或者存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，则该条款可能被认定为无效。
合法性分析
合同自愿原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。因此，如果双方自愿在合同中约定考勤卡上的时间仅作为出入记录，而不作为加班时间的依据，且该约定不违反其他法律法规的强制性规定，那么这样的条款是合法的。
加班工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。如果合同中的条款试图规避这一规定，即不承认考勤卡上记录的加班时间，从而拒绝支付加班费，那么这样的条款可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。
显失公平、欺诈、胁迫等情形：
- 如果合同中的条款存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，导致一方在违背真实意思的情况下签署了合同，那么这样的条款也可能被认定为无效。例如，如果用人单位利用其优势地位，强迫劳动者接受不合理的条款，或者通过欺诈手段使劳动者签署了合同，那么劳动者有权请求法院或仲裁机构撤销或变更该条款。
实际操作建议
审查合同条款：
- 在签署合同前，劳动者应仔细审查合同条款，特别是关于工作时间、加班工资支付等方面的规定。如果发现合同中存在不合理的条款，应及时与用人单位协商修改或拒绝签署。
保留证据：
- 劳动者应妥善保管与工作时间、加班情况相关的证据，如考勤卡、工作记录、加班通知等。这些证据在后续可能发生的劳动争议中将起到关键作用。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者对合同条款的合法性或加班工资的支付问题存在疑问，应及时向专业律师咨询。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，维护劳动者的合法权益。
可能的法律后果
如果条款合法：
- 如果合同中的条款被认定为合法有效，那么双方应按照合同约定履行各自的义务。如果用人单位未按照合同约定支付加班费，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益。
如果条款无效：
- 如果合同中的条款被认定为无效，那么该条款自始不具有法律效力。用人单位应按照法律法规的规定支付加班费，并可能面临劳动行政部门的处罚。
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