合同中约定打卡和考勤不能作为加班证明的条款，并非直接来源于某一条具体的法律规定，而是基于用人单位与劳动者之间通过协商达成的合同自治原则。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同自治原则：

   • 在劳动合同中，用人单位与劳动者有权根据双方的实际情况和需求，协商确定合同条款。这种协商确定的过程，就是合同自治原则的体现。
   • 打卡和考勤作为记录员工出勤情况的方式，其原始目的主要是为了管理员工的出勤，而非直接证明加班。因此，双方可以在合同中约定，打卡和考勤记录不作为加班的直接证明，这是合同自治原则下的合理约定。

2. 加班证明的法律依据：

   • 虽然合同中可以约定打卡和考勤不作为加班证明，但加班的事实仍然需要根据相关法律法规进行认定。
   • 根据《劳动法》等相关法律法规，加班是指劳动者在正常工作时间之外，继续从事本职工作或者用人单位安排的其他工作。加班的证明通常需要结合工作记录、任务分配、工作成果等多方面因素进行综合判断。

3. 合同条款的合法性审查：

   • 尽管合同自治原则允许双方协商确定合同条款，但这些条款必须合法、合规，不得违反法律法规的强制性规定。
   • 如果合同中关于打卡和考勤不能作为加班证明的条款，被认定为违反了法律法规的强制性规定（如剥夺了劳动者加班权益的证明权利），则该条款可能被视为无效。

4. 实践中的操作建议：

   • 对于用人单位而言，在制定合同条款时，应充分考虑法律法规的要求和劳动者的权益，避免制定过于苛刻或不合理的条款。
   • 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班、考勤等方面的约定，确保自己的权益得到保障。如果发现合同条款存在不合理或违法之处，应及时与用人单位协商修改或寻求法律援助。

总结来说，合同中约定打卡和考勤不能作为加班证明的条款，是基于合同自治原则下的双方协商结果。然而，这一约定并不免除用人单位对加班事实的证明责任，也不剥夺劳动者依法主张加班权益的权利。如果双方在执行过程中产生争议，应依据相关法律法规和合同条款进行综合判断和解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。