给员工发工资使用公户止付（即临时或长期不通过公户发放工资）是否违法，需根据具体情况判断。以下从合法与违法两种情形进行详细分析：
一、合法情形
特殊原因下的临时调整：若企业因公户临时冻结、系统升级等特殊原因，无法通过公户发放工资，且已与员工协商一致，短期内使用其他方式（如私户）发放工资，并后续及时恢复公户发放，同时正常履行各项税务和社保义务的，这种情况通常是被允许的。
依法操作并履行义务：无论通过何种方式发放工资，企业都必须依法代扣代缴个人所得税，将工资如实入账，并保留相关的支付记录和凭证。若企业能确保这些操作的合法性和合规性，即使暂时不通过公户发放工资，也不构成违法。
二、违法情形
逃避税务监管：若企业通过不使用公户发放工资的方式，故意隐瞒员工的真实工资收入，降低计税依据，从而少缴纳个人所得税和企业所得税，这种行为违反了税收法律法规，税务机关有权依法追缴税款，并对企业处以罚款、加收滞纳金等处罚。
规避社保缴费：企业为了降低社保成本，可能通过不使用公户发放部分工资，使社保缴费基数降低。这种行为侵害了员工的社保权益，劳动监察部门可以责令企业限期改正，补缴社保费用，并可能对企业进行罚款。
侵害员工权益：不使用公户发放工资可能导致员工的工资收入缺乏有效的证据证明，在发生劳动纠纷时，员工难以维护自己的合法权益。此外，如果企业不按照劳动合同约定的时间和金额支付工资，也违反了《劳动合同法》的相关规定，员工可以要求企业承担相应的法律责任。
三、法律建议
遵守法律法规：企业在支付员工工资时，应严格遵守相关的法律法规和税务规定，确保合法合规。无论采用何种支付方式，都必须依法代扣代缴个人所得税，如实记录工资发放情况，并保留相关凭证。
维护员工权益：企业应尊重并维护员工的合法权益，包括签订正式劳动合同、按时足额支付工资、依法缴纳社保等。这是企业应尽的社会责任，也是避免法律纠纷的重要途径。
及时沟通与调整：若企业因特殊原因需要临时调整工资发放方式，应及时与员工沟通并取得同意，同时尽快恢复正常的工资发放方式，以避免不必要的法律风险。
若您在工资发放方面遇到任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议和解决方案。