关于赔偿的前提：首先需要明确的是，体检报告有阴影并不直接等同于可以获得赔偿。赔偿的前提是该阴影被确诊为职业病或者与工作环境、工作性质有直接因果关系的疾病，并且该疾病导致了实际的损害（如医疗费用支出、误工损失、伤残等）。如果仅仅是体检报告显示有阴影，但尚未确诊或与工作无直接关联，那么公司通常不需要承担赔偿责任。
若阴影被确诊为职业病：
- 赔偿项目：根据《中华人民共和国职业病防治法》及相关规定，如果阴影被确诊为职业病，员工有权要求公司承担医疗费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、残疾辅助器具费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等费用。具体赔偿项目和标准需根据职业病的种类、伤残等级以及当地的相关规定来确定。
- 赔偿流程：员工应首先向公司报告病情，并要求公司安排职业病诊断。确诊后，员工可以向公司提出赔偿要求，如果公司拒绝或双方无法达成一致，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
若阴影与工作无直接关联：
- 公司责任：如果阴影被确诊为非职业病，且与工作环境、工作性质无直接关联，那么公司通常不需要承担赔偿责任。但公司有义务为员工提供必要的医疗帮助和人文关怀，如协助员工就医、提供必要的休息时间等。
- 员工权益：员工在这种情况下，应积极配合医生进行治疗，并关注自身的健康状况。如果员工认为公司的工作环境或工作性质对其健康造成了影响，可以向公司提出改善建议或要求公司进行健康检查。
建议与注意事项：
- 及时沟通：员工在发现体检报告有阴影后，应及时与公司沟通，了解公司的相关政策和程序。
- 保留证据：员工应保留好体检报告、医疗记录等相关证据，以便在需要时证明自己的病情和与工作的关联性。
- 寻求法律帮助：如果员工在赔偿问题上与公司无法达成一致，或者对公司的处理方式有异议，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总之，公交车公司是否需要对员工体检报告中的阴影进行赔偿，取决于该阴影是否被确诊为职业病以及与工作的关联性。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。