针对您提出的“公司入职体检报告作假被发现了怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及法律与职业道德的严肃话题。首先，我要明确的是，入职体检报告作假是不被允许的行为，它违反了诚信原则，也可能对公司的正常运营和员工的健康安全构成潜在威胁。

一、法律后果

根据《中华人民共和国职业病防治法》第七十四条的规定，用人单位（包括公司）如果未按照规定报告职业病或疑似职业病，或者弄虚作假，将面临严重的法律后果。具体来说，公司可能会被责令限期改正，并受到警告，同时可能并处一万元以下的罚款；如果弄虚作假情节严重，罚款金额将提升至二万元以上五万元以下。此外，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，还可能依法给予降级或者撤职的处分。

二、处理流程

1. 发现与调查：一旦公司入职体检报告作假的行为被发现，相关部门（如卫生行政部门）将启动调查程序，收集证据，查明事实真相。

2. 行政处罚：根据调查结果，如果确认公司存在违法行为，相关部门将依法作出行政处罚决定，包括警告、罚款等。

3. 整改与纠正：公司需要按照行政处罚决定的要求，及时整改，纠正违法行为，并采取措施防止类似事件再次发生。

4. 内部处理：公司内部也应对涉事人员进行相应的处理，如警告、辞退等，以维护公司的诚信形象和内部纪律。

三、建议与措施

1. 加强诚信教育：公司应加强对员工的诚信教育，提高员工的法律意识和职业道德水平，从源头上预防类似事件的发生。

2. 完善体检流程：公司应建立完善的入职体检流程，确保体检报告的真实性和准确性。可以考虑与正规的医疗机构合作，进行专业的入职体检。

3. 建立监督机制：公司应建立内部监督机制，对入职体检等关键环节进行监督和检查，确保各项规定得到有效执行。

4. 积极应对处理：如果公司确实存在入职体检报告作假的行为，应积极配合相关部门的调查和处理工作，主动承担责任，并采取措施进行整改和纠正。

总之，入职体检报告作假是一种严重的违法行为，公司应高度重视并采取有效措施加以预防和处理。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。