结论：劳动合同中规定员工工资发放3日内有异议提出，逾期视为无异议，这一条款本身并不直接违法，但其合法性及效力需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：

一、条款合法性分析

1. 合同自由原则：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在合同中，双方有权就工资发放、异议提出等事项进行约定，只要这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。

2. 不违反强制性规定：

   • 工资发放及异议提出期限的约定，并不直接涉及劳动者的基本权益保护，如最低工资标准、工作时间、休息休假等，因此不属于法律、行政法规的强制性规定范畴。只要该条款是双方真实意思的表示，且没有损害劳动者的合法权益，通常会被认为是合法的。

二、条款效力及可能的问题

1. 劳动者权益保护：

   • 尽管该条款本身可能合法，但如果用人单位利用此条款限制劳动者提出异议的权利，或者在实际操作中故意拖延工资发放，导致劳动者无法在规定期限内提出异议，从而损害劳动者的合法权益，那么该条款的效力可能会受到质疑。

2. 举证责任：

   • 在实际操作中，如果劳动者因各种原因未能在规定期限内提出异议，但后续发现工资发放存在问题，劳动者可能需要承担举证责任，证明其未提出异议并非出于自身原因，而是由于用人单位的过错或故意隐瞒等。这可能会增加劳动者的维权难度。

三、建议与注意事项

1. 明确条款内容：

   • 劳动合同中应明确工资发放的具体日期、方式以及异议提出的期限和方式等，确保双方对条款内容有清晰的理解。

2. 保留相关证据：

   • 劳动者应妥善保留与工资发放相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时证明自己的权益。

3. 及时提出异议：

   • 如果劳动者对工资发放有异议，应及时向用人单位提出，并保留好提出异议的证据，如书面通知、邮件等。

4. 寻求法律帮助：

   • 如果劳动者认为自己的权益受到侵害，或者对劳动合同中的条款有疑问，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。

总结：劳动合同中规定员工工资发放3日内有异议提出，逾期视为无异议，这一条款本身并不直接违法。但劳动者在签订劳动合同时应仔细阅读条款内容，确保自己的权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。