对工资发放有异议需60日内提出的约定，其合法性需结合具体情况分析，但通常此类约定可能因违反法定时效规定而无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、法定时效规定
根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于工资发放的异议，劳动者通常应在知道或应当知道工资发放存在问题之日起一年内提出仲裁申请。因此，若用人单位与劳动者约定的60日异议期短于法定的一年时效期，该约定可能因违反法律强制性规定而无效。
二、约定效力的判断
若约定不违反法律强制性规定：
- 在某些特殊情况下，如果用人单位与劳动者之间的约定不违反法律的强制性规定，且双方均自愿接受该约定，那么该约定可能在一定程度上具有法律效力。但这种情况较为罕见，且需要严格符合法律规定的条件。
若约定违反法律强制性规定：
- 如前所述，如果约定的60日异议期短于法定的一年时效期，那么该约定很可能因违反法律强制性规定而无效。此时，劳动者仍有权在法定的一年时效期内提出仲裁申请。
三、实际操作建议
劳动者角度：
- 劳动者在发现工资发放存在问题时，应及时与用人单位沟通协商，并保留相关证据。
- 如果协商无果，劳动者应在法定的一年时效期内向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，以维护自己的合法权益。
用人单位角度：
- 用人单位应遵守法律法规，确保工资发放的准确性和及时性。
- 如果用人单位希望与劳动者就工资发放等事项进行约定，应确保该约定不违反法律的强制性规定，并充分告知劳动者相关权利和义务。
四、法律后果
- 如果约定无效：劳动者仍有权在法定的一年时效期内提出仲裁申请，要求用人单位支付拖欠的工资或纠正其他工资发放问题。
- 如果约定有效（但罕见）：劳动者需在约定的60日内提出异议，否则可能丧失通过法律途径维护自己权益的机会。但如前所述，这种情况较为罕见且需要严格符合法律规定的条件。
总结与建议：
- 通常情况下，对工资发放有异议需60日内提出的约定可能因违反法定时效规定而无效。
- 劳动者在发现工资发放存在问题时，应及时与用人单位沟通协商，并在法定的一年时效期内提出仲裁申请。
- 用人单位应遵守法律法规，确保工资发放的准确性和及时性，并避免与劳动者约定违反法律强制性规定的条款。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。