经过协商签字工资50一天发放协议，如果违反最低工资标准则不合法。具体分析如下：

1. 协议合法性的前提：

   • 劳动者与用人单位在自愿、平等、协商一致的基础上签订的劳动合同或工资协议，原则上应具有法律效力。
   • 但该协议的内容必须遵守国家法律法规，不得违反最低工资标准等强制性规定。

2. 最低工资标准的法律规定：

   • 根据《劳动法》和《最低工资规定》，各地会根据经济发展水平、物价水平等因素制定最低工资标准。
   • 用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

3. 协议与最低工资标准的对比：

   • 如果协议中约定的工资50元/天高于或等于当地最低工资标准（按日或按月折算后），则协议合法。
   • 如果协议中约定的工资50元/天低于当地最低工资标准，则协议不合法，用人单位应按照最低工资标准支付劳动者工资。

4. 法律后果：

   • 若协议不合法，劳动者有权要求用人单位按照最低工资标准支付工资，并可向劳动监察部门投诉。
   • 用人单位若违反最低工资标准支付工资，将面临法律处罚和赔偿责任。

综上所述，经过协商签字的工资50一天发放协议，其合法性取决于是否违反当地最低工资标准。因此，在签订此类协议前，建议双方先了解并遵守相关法律法规，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。