针对您提出的“和母公司签订合同，工资由母公司发放，但社保由子公司缴纳是否合法”的问题，这是一个涉及劳动关系、社保缴纳以及法律法规的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面的分析
合法性基础：
- 根据《社会保险法》等相关法律法规，用人单位有义务为与其建立劳动关系的职工缴纳社会保险费。在常规情况下，这一责任应由与劳动者直接签订劳动合同的实体（即您提到的母公司或子公司中的实际用人单位）来承担。
- 如果母公司与子公司之间有明确的协议，并且这种安排不损害劳动者的合法权益，同时得到了当地社保部门的认可，那么母公司代缴社保在特定情况下可能是合法的。但需要注意的是，不同地区的具体法规可能存在差异，因此需结合当地法律进行判断。
劳动关系与社保缴纳的关系：
- 劳动关系是社保缴纳的基础。理论上，应由实际与劳动者建立劳动关系的用人单位来缴纳社保。
- 在集团公司内部，如果存在人力资源管理和财务的统筹安排，这种跨公司缴纳社保的情况需要确保符合相关规定，并向社保部门进行报备。
二、实际操作层面的问题
工伤认定与待遇：
- 如果社保缴纳主体与实际用人单位不一致，可能会导致在工伤认定过程中出现复杂情况，进而影响员工及时获得工伤待遇。
劳动纠纷风险：
- 这种不一致性可能引发劳动者对自身权益保障的担忧，从而增加劳动争议的风险。
社保审计与合规风险：
- 社保部门在审计时可能会对这种跨公司缴纳社保的情况产生关注。如果没有合理解释和充分的证明材料，企业可能面临补缴社保、罚款等风险。
三、解决建议
规范操作：
- 为了确保合规性并降低潜在风险，最稳妥的做法是由实际用人单位（即与您签订劳动合同的母公司或子公司中的一方）同时负责工资发放和社保缴纳。
特殊情况处理：
- 如果基于集团整体战略或管理需要，确实需要维持这种跨公司缴纳社保的安排，那么应做到以下几点：
- 母公司与子公司之间应签订详细的书面协议，明确双方在社保缴纳、工资发放等方面的权利和义务。
- 向员工充分说明这种安排，并取得其书面同意，以避免后续纠纷。
- 与当地社保部门进行沟通，按照要求办理相关手续，确保社保缴纳行为得到认可和监管。
咨询专业意见：
- 在采取此类安排前，建议企业咨询专业的法律顾问或相关部门进行确认和指导，以确保合规性。
建立内部管理制度：
- 企业应建立完善的内部管理制度和流程，确保这种跨公司缴纳社保的安排的合规性和有效性，包括但不限于财务管理、人事管理和社保管理等。
综上所述，和母公司签订合同但由子公司缴纳社保的做法在法律上存在一定的复杂性和风险性。为了确保合规性并降低潜在风险，建议您根据具体情况和当地法律法规进行判断，并考虑采取上述解决建议中的措施。如有必要，请咨询专业法律人士以获取更具体的指导。