结论：单位将孩子结婚请假期间的工资分两个月扣除，并且扣除全勤奖的做法，一般是不合理的，具体分析如下：
一、关于工资扣除的合理性
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有明确的法律规定或合同约定，单位不得随意扣除劳动者的工资。
请假与工资扣除：
- 劳动者因个人原因（如结婚）请假，单位可以根据内部规章制度或劳动合同的约定，对请假期间的工资进行相应处理。但这种处理应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 若单位规章制度或劳动合同中未明确规定请假期间工资的扣除方式，或者规定本身不合理（如分两个月扣除），则单位的行为可能构成违法。
具体分析：
- 在您的情况下，单位将请假期间的工资分两个月扣除，这种做法缺乏明确的法律依据或合同约定支持，因此可能被视为不合理。
- 如果单位确实需要扣除工资，应当明确告知劳动者扣除的原因、金额和方式，并确保这种扣除不违反法律法规的强制性规定。
二、关于全勤奖扣除的合理性
全勤奖的性质：
- 全勤奖是单位为了鼓励员工出勤而设立的一种奖励制度。它通常与员工的出勤情况直接相关，如果员工在特定期间内未出现缺勤情况，则有权获得全勤奖。
请假与全勤奖的关系：
- 劳动者因个人原因请假，导致在特定期间内未能全勤出勤，这通常会影响其获得全勤奖的资格。然而，这种影响应当基于单位明确的规章制度或劳动合同的约定。
具体分析：
- 在您的情况下，单位扣除全勤奖的做法是否合理，取决于其内部规章制度或劳动合同中是否有明确规定。如果规定中明确指出请假会导致全勤奖的扣除，且这种规定本身不违反法律法规的强制性规定，则单位的行为可能是合理的。
- 但如果单位没有明确规定，或者规定本身不合理（如无论请假原因和时长均扣除全勤奖），则单位的行为可能构成违法或不当。
三、建议与行动
与单位沟通：
- 首先，建议您与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解单位对于请假期间工资和全勤奖扣除的具体规定和依据。
审查规章制度与劳动合同：
- 仔细审查单位的规章制度和劳动合同，看其中是否有关于请假期间工资和全勤奖扣除的明确规定。如果规定本身不合理或违法，您可以向单位提出异议。
寻求法律援助：
- 如果与单位沟通无果，或者您认为单位的行为已经侵犯了您的合法权益，您可以考虑寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
总结：单位将孩子结婚请假期间的工资分两个月扣除，并且扣除全勤奖的做法，在缺乏明确法律依据或合同约定支持的情况下，一般是不合理的。建议您与单位进行沟通，并审查相关规章制度和劳动合同，以维护自己的合法权益。如有需要，您可以随时向我咨询劳动纠纷相关问题。