结论：关于每天工作12小时制的公休是否要扣时长的问题，这主要取决于具体的劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规的规定。一般情况下，公休日不应计入正常工作时间，也不应扣减时长，但如果存在加班情况，则需按照法律规定支付加班费。以下是对此问题的详细分析：
一、公休日与工作时间的定义
- 公休日：通常指的是每周的休息日，如周六、周日，这是劳动者依法享有的休息时间，不应计入正常工作时间。
- 工作时间：根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果劳动者每天工作12小时，那么超出8小时的部分即属于加班时间。
二、公休日是否扣时长
- 正常情况：在公休日，劳动者享有休息的权利，不应被要求工作，也不应扣减其正常工作时长。如果公司在公休日安排劳动者工作，那么应视为加班，并按照法律规定支付加班费。
- 特殊情况：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了公休日需要工作，并且这种安排得到了劳动者的同意（通常以书面形式确认），那么在这种情况下，公休日的工作时间可能会被计入总工作时间。但即便如此，公司仍需按照法律规定支付加班费或安排补休。
三、加班费的计算
如果劳动者在公休日工作，公司应按照以下标准支付加班费：
- 计算公式：加班费 = 日工资 × 加班天数 × 200%（或300%，如果是法定节假日加班）
- 日工资计算：日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（月计薪天数通常为21.75天，根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》规定）
示例：假设劳动者的月工资为5000元，公司在某个公休日（周六）安排其工作，且未安排补休。那么，劳动者应获得的加班费为：5000元 ÷ 21.75天 × 1天 × 200% ≈ 459.77元。
四、法律建议
- 审查劳动合同和公司规章制度：劳动者应仔细审查自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于工作时间、公休日以及加班费的规定。
- 保留证据：如果公司在公休日安排劳动者工作且未支付加班费或安排补休，劳动者应保留相关证据（如工作记录、加班通知等），以便在需要时维护自己的合法权益。
- 及时咨询：如果劳动者对工作时间、公休日以及加班费等问题存在疑问或争议，应及时向我咨询，以便获得专业的法律建议和帮助。
最后，希望以上分析能对您有所帮助。如果您在劳动工伤领域还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。