关于“有夜班的工作超工作时长安排补休是否扣夜班费”的问题，结论是因具体情况而异，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者的工作时间、休息休假以及加班工资等均有明确的规定。然而，关于夜班费的具体规定，并非由《劳动法》直接规定，而是通常由单位内部的规章制度或劳动合同进行约定。

2. 单位规章制度与劳动合同：

   • 单位内部的规章制度或劳动合同中，可能会明确夜班费的标准、支付方式以及是否会在补休时扣除等条款。因此，首先需要查阅单位的相关规章制度或劳动合同，以了解具体的规定。

3. 具体情况分析：

   • 如果单位规章制度或劳动合同中明确规定，在超工作时长安排补休时，夜班费不予扣除，那么单位就应当遵守这一规定，不得随意扣除夜班费。
   • 如果单位规章制度或劳动合同中并未明确规定夜班费在补休时的处理方式，或者规定不明确，那么单位在操作时就需要遵循公平、合理、合法的原则，与劳动者进行协商，并明确告知劳动者相关的处理方式和依据。

4. 建议与注意事项：

   • 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间、休息休假、加班工资以及夜班费等方面的规定，确保自己的权益得到保障。
   • 如果单位在补休时扣除了夜班费，而劳动者认为这一做法不合理或不合法，可以首先与单位进行协商，要求单位给出明确的解释和依据。如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会申请调解或仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，关于“有夜班的工作超工作时长安排补休是否扣夜班费”的问题，需要根据单位内部的规章制度或劳动合同的具体规定来确定。如果规定不明确或存在争议，建议劳动者与单位进行协商，并寻求专业的法律咨询和帮助。