关于公司小休时长超时是否扣工资的问题，这主要取决于公司的具体规章制度以及劳动合同中的相关约定，但一般情况下，单纯的小休时长超时并不直接构成扣工资的合法理由。以下是从不同角度的详细分析：
公司规章制度与劳动合同：
- 公司有权根据自身的经营需要和管理规定，制定关于工作时间、休息休假以及工资支付等方面的规章制度。
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了小休的时长以及超时后的处理措施（如扣工资、调休等），并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照这些规定执行。
- 然而，如果规章制度或劳动合同中没有明确规定，或者规定的内容违反了法律法规的强制性规定（如无故克扣工资等），那么公司就不能随意扣工资。
法律法规的强制性规定：
- 根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 除非劳动者存在严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，否则用人单位不得无故克扣劳动者的工资。
- 小休时长超时，如果并未导致劳动者违反公司规章制度或劳动合同约定的其他义务，且未对公司造成实际损失，那么公司通常无权扣工资。
实际操作中的建议：
- 如果公司确实存在小休时长超时扣工资的情况，劳动者可以先与公司进行沟通协商，了解公司的具体规定和扣工资的原因。
- 如果沟通协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在此过程中，劳动者应当保留好相关的证据材料（如劳动合同、公司规章制度、工资条等），以便在需要时提供证明。
总结来说，公司小休时长超时并不直接构成扣工资的合法理由。除非公司的规章制度或劳动合同中有明确规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定。如果劳动者遇到此类情况，建议先与公司沟通协商，必要时可以寻求法律帮助来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。