结论：员工请假时间长，公司是否有权扣工资，这主要取决于请假的类型、公司的规章制度以及相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、请假类型与工资扣除
事假：
- 事假通常是无薪的，即员工因个人原因请假，公司有权不支付其请假期间的工资。这是因为事假不属于法定带薪假期范畴，员工需要自行承担请假期间的经济损失。
病假：
- 病假期间，员工通常享有病假工资或疾病救济费。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，员工在医疗期内，公司应按照一定比例支付其病假工资，具体比例可能因地区和公司政策而异，但通常不会低于当地最低工资标准的80%。
- 如果员工请病假时间较长，超过了医疗期，公司可能不再支付病假工资，但具体处理方式还需根据公司规章制度和相关法律法规来确定。
年假、婚假、产假等法定带薪假期：
- 对于年假、婚假、产假等法定带薪假期，员工在请假期间享有全额工资待遇，公司无权扣除其工资。
二、公司规章制度的影响
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，如果公司规章制度中明确规定了请假期间的工资支付方式，且该规定不违反相关法律法规，那么公司有权按照规章制度执行。
- 因此，员工在请假前应仔细阅读公司规章制度，了解请假期间的工资支付情况，以避免不必要的纠纷。
三、法律法规的约束
- 公司在制定和执行请假及工资支付政策时，必须遵守相关法律法规的规定。如果公司规章制度中的规定与法律法规相抵触，那么该规定将无效，公司需按照法律法规来执行。
- 例如，根据《劳动法》等相关法律法规，公司不得随意扣除员工工资，除非符合法定扣除情形（如员工造成公司经济损失、违反公司规章制度等），且扣除金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
四、建议与注意事项
员工方面：
- 员工在请假前应与公司沟通清楚请假类型、请假时间以及工资支付情况，确保自己的权益不受损害。
- 如果公司规章制度或相关法律法规中有不明确或存在争议的地方，员工可以向公司人力资源部门或当地劳动监察部门咨询，以获取更准确的解答。
公司方面：
- 公司应制定完善的请假及工资支付政策，并明确告知员工，以避免不必要的纠纷。
- 公司在执行请假及工资支付政策时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。
总结来说，员工请假时间长，公司是否有权扣工资，需根据请假类型、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。员工在请假前应了解清楚相关情况，公司也应制定并执行合规的请假及工资支付政策。如有任何疑问或纠纷，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。