结论：员工经常请假一两个小时是否扣工资，需根据请假性质、公司规章制度及劳动合同约定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 请假性质与法律规定

• 事假：员工因个人事务请假，属于非带薪休假。根据《企业职工带薪年休假实施办法》及劳动法原则，事假期间用人单位可不支付工资。若员工频繁请事假，公司有权依据规章制度扣减相应工资。
• 病假：员工因病请假，需提供医疗证明。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假期间用人单位需支付病假工资，标准通常为当地最低工资的80%或劳动合同约定比例，不得低于最低标准。
• 其他法定假期：如婚假、产假、丧假等，属于带薪假期，公司不得扣减工资。

2. 公司规章制度与劳动合同

• 规章制度合法性：若公司规章制度明确规定“频繁短时请假按旷工处理或扣减工资”，且该制度经民主程序制定并公示，可能被认定为合法。但需注意：
  • 制度内容不得违反法律强制性规定（如病假工资不得低于最低标准）；
  • 扣减工资比例需合理，不得滥用处罚权。
• 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定“短时请假扣减工资”的条款，需审查条款合法性。例如，约定“每次请假1小时扣半天工资”可能因显失公平被认定无效。

3. 实际操作建议

• 员工角度：
  1. 提前了解公司规章制度及劳动合同中关于请假的条款；
  2. 保留请假记录（如审批单、医疗证明等），避免口头请假；
  3. 若公司无故扣减工资，可先协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 公司角度：
  1. 制定合法合理的请假制度，明确请假流程、扣减工资规则（如事假按小时扣减，病假按比例支付）；
  2. 确保制度经民主程序制定并公示（如职工代表大会讨论、公告栏张贴等）；
  3. 扣减工资时留存书面证据（如请假单、工资条注明扣减项目）。

4. 法律后果提示

• 若公司违法扣减工资（如病假期间按事假处理），员工可要求补发工资并主张经济补偿金；
• 若员工频繁短时请假构成“严重违反规章制度”（如每月累计旷工达一定天数），公司可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，但需举证证明制度合法且员工行为达到解除条件。

总结：员工短时请假是否扣工资需结合请假性质、公司制度及合同约定判断。建议双方均保留书面证据，避免纠纷。如有具体案例或制度条款需要分析，可直接向我咨询。