结论：员工基本工资和合同签订工资金额不一致时，请假扣款一般应按照实际发放的基本工资标准来计算，但具体还需依据劳动合同的约定以及公司规章制度来确定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 从劳动合同角度分析：

   • 劳动合同是员工与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了请假扣款的计算方式，比如按照合同签订的工资金额的一定比例进行扣款，那么应当遵循劳动合同的约定。
   • 但如果劳动合同中并未明确规定请假扣款的计算方式，或者规定与实际发放的基本工资不符，此时就需要参考公司规章制度或者行业惯例。

2. 从公司规章制度角度分析：

   • 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，如果公司规章制度中明确规定了请假扣款的计算方式，并且该制度已经经过民主程序制定、公示或者告知员工，那么应当按照公司规章制度来执行。
   • 例如，如果公司规章制度规定请假扣款按照实际发放的基本工资标准来计算，那么即使合同签订的工资金额高于基本工资，请假扣款也应以基本工资为基准。

3. 从实际操作和公平性角度分析：

   • 在实际操作中，如果按照合同签订的工资金额进行请假扣款，而员工实际领取的基本工资低于合同金额，这可能会对员工造成不公平的待遇。因为员工并未享受到合同约定的全部工资，却要按照合同金额承担请假扣款，这显然是不合理的。
   • 因此，从公平性角度出发，请假扣款应当以员工实际领取的基本工资为基准进行计算，这样更能体现劳动关系的公平性和合理性。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果员工的基本工资和合同签订工资之间的差异是由于奖金、津贴等浮动部分造成的，而这些浮动部分并不构成员工固定收入的一部分，那么在计算请假扣款时，可能只考虑基本工资部分。
   • 另外，如果公司存在恶意降低基本工资以规避请假扣款责任的行为，员工有权向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

建议：

• 对于员工而言，在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资和请假扣款的部分，确保自己的权益得到保障。
• 如果发现公司存在不合理的请假扣款行为，可以与公司进行协商沟通，或者向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
• 对于公司而言，应当制定合理的规章制度，明确请假扣款的计算方式，并确保该制度符合法律法规的规定，以维护劳动关系的和谐稳定。

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