结论：上班29天发16天工资是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。
分析说明：
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资的计算方式和发放周期，且按照该约定，上班29天发16天工资是合理的（例如，合同中约定了按实际出勤天数计算工资，且存在请假、旷工等情况导致实际出勤天数为16天），那么这种做法就是合法的。
- 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定与实际情况不符，那么就需要参考其他法律法规和规定。
法律法规规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，劳动者有获得劳动报酬的权利，且工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果劳动者实际出勤了29天，而用人单位只发放了16天的工资，且没有合理的解释（如请假、旷工等），那么这种做法就可能构成克扣工资，是违法的。
实际出勤情况：
- 如果劳动者在29天中有请假、旷工等情况，导致实际出勤天数为16天，那么用人单位按照实际出勤天数发放工资是合理的。
- 如果劳动者实际出勤了29天，没有请假或旷工，那么用人单位只发放16天工资就是不合法的。
法律建议：
- 核实劳动合同：首先，劳动者应当核实自己的劳动合同中关于工资计算方式和发放周期的约定。
- 收集证据：如果劳动者认为用人单位克扣了工资，应当收集相关证据，如出勤记录、工资条等，以证明自己的实际出勤天数和应得工资。
- 与用人单位协商：在收集到足够证据后，劳动者可以与用人单位进行协商，要求用人单位按照实际出勤天数发放工资。
- 申请劳动仲裁：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果用人单位克扣工资被证实，那么用人单位可能需要补发工资，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 劳动者如果通过法律途径维护自己的权益，可能会耗费一定的时间和精力，但通常能够获得应有的赔偿。
举例说明：
假设劳动者小张与用人单位签订了劳动合同，约定工资按月发放，且按照实际出勤天数计算。小张在一个月内实际出勤了29天，但用人单位只发放了16天的工资。小张可以收集自己的出勤记录和工资条等证据，与用人单位进行协商。如果协商无果，小张可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位补发剩余的工资。
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