在土地出让过程中，协议出让是一种特定的土地供应方式，它主要适用于一些非经营性、特殊产业项目用地，或是原划拨、承租土地使用权人申请办理出让等情形。以下是对这些情形的详细解释：
一、非经营性用地出让
非经营性用地，主要指的是那些以满足社会公共利益和公共服务需求为主，不以盈利为目的的土地。这类土地通常包括：
- 政府办公用地：如各级政府机关、行政事业单位为履行职能所需的办公场所土地。
- 军事用地：涉及国防军事目的的土地，如军事基地、训练场等。
- 基础设施用地：
- 城市基础设施：包括供水、排水、供电、供气、供热、道路、桥梁、污水处理、垃圾处理等设施用地。
- 交通基础设施：如铁路、公路、机场、港口等交通设施建设所需土地。
- 公益事业用地：
- 教育用地：学校、幼儿园等教育机构的教学及配套设施用地。
- 医疗卫生用地：医院、卫生院、疗养院等医疗卫生机构用地。
- 社会福利设施用地：养老院、福利院、救助站等社会福利设施用地。
二、特殊产业项目用地
对于某些特殊产业项目，如符合地方产业政策导向、投资规模大、科技含量高、对地方经济发展有重大带动作用的工业项目，或是国家支持的新业态项目用地（如新能源、大数据、人工智能等符合国家战略发展方向的产业项目），在符合相关规定和条件时，也可通过协议出让方式取得土地。
三、原划拨、承租土地使用权人申请办理出让
- 原划拨土地使用权人：因企业改制、资产重组、改变土地用途等原因，经批准可以协议出让方式将划拨土地转变为出让土地，并补缴土地出让金。
- 原承租土地使用权人：租赁期限届满后，符合相关规定并经批准，可协议出让土地，取得出让土地使用权。
四、其他特殊情况
- 法院判决、裁定或政府决定处置的土地：如在企业破产清算时，经法院判决将企业的土地依法处置给特定的受让人，即可通过协议出让办理土地使用权变更。
- 出让土地使用权人申请续期：当土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者申请续期时，除因社会公共利益需要收回土地外，应予以批准。经批准准予续期的，应重新签订土地使用权出让合同，并按规定支付土地使用权出让金，此种情况下也可采用协议出让方式。
- 其他法律法规规定的特殊情形：如政府为实施城市规划进行旧城区改建或其他公共利益需要，可与土地使用者通过协议方式对土地使用权进行调整或补偿。
注意事项
在采用协议方式出让土地使用权时，需注意以下几点：
- 出让金不得低于按国家规定所确定的最低价，以保障市场公平公正。
- 必须遵循相关审批程序和要求，确保土地资源的合理利用。
- 具体操作和实施细节可能因地区和政策差异而有所不同，建议咨询当地自然资源主管部门或专业律师以获取准确信息和指导。
综上所述，土地协议出让是一种灵活的土地供应方式，但无论何种情况，都必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保土地使用的合法性和合规性。