工程结算过程中变更计价方式是否属于背离合同实质性条款，需根据具体情况判断，但通常若该变更显著改变了合同双方的权利义务关系，尤其是对工程价款产生重大影响，则可能被视为背离合同实质性条款。以下从不同角度进行分析：
一、合同实质性条款的定义与范围
合同实质性条款通常指的是那些对合同双方权利义务关系产生根本性影响的条款，如合同标的、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式等。在建设工程合同中，计价方式作为确定工程价款的关键因素，无疑属于合同实质性条款的重要组成部分。
二、变更计价方式的法律后果
若变更未经双方协商一致：
- 根据《民法典》的相关规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行自己的义务。未经对方同意，一方不得擅自变更合同内容。
- 若一方擅自变更计价方式，且该变更显著改变了合同双方的权利义务关系，尤其是对工程价款产生重大影响，则可能构成违约行为，需承担相应的违约责任。
若变更经双方协商一致：
- 双方协商一致变更计价方式，是合同变更的合法形式。但即便如此，也需确保变更后的计价方式不违反法律法规的强制性规定，且不损害国家、集体或第三人的利益。
- 变更后的计价方式应明确、具体，并作为合同附件或补充协议，与原合同具有同等法律效力。
三、判断变更计价方式是否背离合同实质性条款的标准
变更是否显著改变了合同双方的权利义务关系：
- 若变更后的计价方式导致工程价款大幅增加或减少，且该变化超出了双方在订立合同时的合理预期，则可能被视为显著改变了合同双方的权利义务关系。
变更是否对工程价款产生重大影响：
- 工程价款是建设工程合同的核心内容之一。若变更计价方式导致工程价款发生重大变化，且该变化未得到对方的明确同意，则可能构成背离合同实质性条款。
变更是否违反法律法规的强制性规定：
- 即便双方协商一致变更计价方式，也需确保该变更不违反法律法规的强制性规定。否则，该变更可能被视为无效，且需承担相应的法律责任。
四、建议与风险提示
- 在工程结算过程中，双方应严格遵守合同约定，不得擅自变更计价方式。如需变更，应经双方协商一致，并签订书面补充协议。
- 在变更计价方式前，双方应充分评估变更可能带来的法律后果和经济风险，确保变更后的计价方式合法、合理、可行。
- 若因变更计价方式引发纠纷，双方应首先通过协商、调解等方式解决。协商、调解不成的，可依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
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