将协议的工程进度结算变更为过程结算，通常属于实质性内容的变更。以下从多个角度对此进行分析：
一、实质性内容变更的定义
在建设工程合同中，实质性内容变更通常指的是对合同双方的权利义务产生重大影响，或者改变了合同的基本性质和目的的变更。工程进度结算和过程结算虽然都是工程款支付的方式，但它们在支付时间、支付条件、风险分配等方面存在显著差异，因此，将工程进度结算变更为过程结算，很可能构成实质性内容的变更。
二、工程进度结算与过程结算的区别
工程进度结算：
- 通常是根据工程的实际进度，按照合同约定的比例或金额进行结算。
- 结算时间相对固定，如每月、每季度或按工程阶段进行结算。
- 风险分配相对明确，业主和承包商对工程进度的风险有一定的预期。
过程结算：
- 强调在施工过程中，根据实际完成的工程量或工作成果进行即时结算。
- 结算时间更加灵活，可能随着工程的进展而频繁进行。
- 风险分配可能更加复杂，因为过程结算需要更精确地评估已完成的工作量和质量。
三、变更的实质性影响
对合同双方权利义务的影响：
- 变更结算方式可能改变业主和承包商的资金流安排，影响双方的财务计划和成本控制。
- 过程结算可能要求更频繁的结算和支付，增加双方的管理成本和操作复杂性。
对合同基本性质和目的的影响：
- 结算方式的变更可能改变合同的经济平衡和风险分配，从而影响合同的基本性质和目的。
- 如果变更导致合同的经济效果发生显著变化，可能构成对合同根本性的改变。
四、法律建议
审查合同条款：
- 在变更结算方式前，应仔细审查原合同中的相关条款，特别是关于结算方式、变更程序、违约责任等方面的规定。
- 确保变更符合合同约定的变更程序，并避免违反合同中的禁止性规定。
协商一致：
- 结算方式的变更应尽可能通过双方协商一致的方式进行，以确保变更的合法性和有效性。
- 在协商过程中，应充分考虑变更对双方权利义务的影响，并达成公平合理的变更协议。
书面确认：
- 变更协议应以书面形式确认，并明确变更的内容、时间、条件等关键要素。
- 书面确认有助于避免未来可能出现的争议和纠纷。
法律风险评估：
- 在变更前，应进行法律风险评估，评估变更可能带来的法律后果和风险。
- 根据评估结果，制定相应的风险应对措施和预案。
如有任何关于建设工程合同变更的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。