合同的计价方式发生变更，确实属于变更实质性内容，但其效力需根据具体情况判断，并非当然无效。

首先，我们要明确什么是合同的实质性内容。合同的实质性内容通常包括合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等。其中，计价方式作为价款或报酬的重要组成部分，其变更无疑会触及合同的实质性内容。

接下来，我们分析这种变更的效力。根据相关法律规定，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，如果合同双方就计价方式的变更达成了共识，并且这种变更没有违反法律法规的强制性规定，那么这种变更就是有效的。相反，如果实质性变更未经对方同意，且不符合法定的变更条件与程序，对原合同相对方不产生变更的效力。但这并不意味着整个合同因此无效，只是变更的部分对原合同相对方不产生约束力。

在司法实践中，对于合同实质性变更的效力判断，法院会依据具体情况进行综合考量。如果变更虽未经适当程序，但未损害他人合法权益，且当事人已实际履行变更后的内容，法院可能会视为双方对原合同进行了事实上的变更，从而产生相应的法律效力。

综上所述，合同的计价方式发生变更确实属于变更实质性内容，但其效力并非绝对无效。在判断其效力时，我们需要综合考虑合同双方的协商情况、变更是否符合法定条件与程序以及变更后的实际履行情况等因素。如果您在这方面遇到了具体问题，欢迎随时向我咨询，我会根据您的实际情况为您提供更具体的法律建议。