合同的结算方式与招标文件里的不同，确实可能构成变更实质性条款，但具体是否构成，需结合实际情况及相关法律规定进行综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、实质性条款的定义与范围
在合同法中，实质性条款通常指的是那些对合同双方权利义务具有根本性影响的条款，如合同标的、数量、质量、价款或报酬、履行期限、履行地点和方式等。结算方式作为合同价款或报酬支付的具体方式，直接关系到合同双方的经济利益，因此，在多数情况下，结算方式可以被视为实质性条款的一部分。
二、变更实质性条款的法律后果
需要双方协商一致：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方变更合同实质性条款的，应当协商一致。如果未经协商一致，单方面变更结算方式，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
可能影响合同效力：如果变更的结算方式违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该变更可能无效，甚至可能导致整个合同的无效。
可能引发纠纷：结算方式的变更可能引发合同双方对合同履行、价款支付等方面的争议，进而引发纠纷。
三、判断是否构成变更实质性条款的具体因素
变更的幅度与性质：如果结算方式的变更只是微小的调整，如支付时间的轻微提前或延后，且不影响合同双方的根本利益，那么可能不构成变更实质性条款。但如果变更幅度较大，如从一次性支付变更为分期支付，且对合同双方的经济利益产生重大影响，那么则可能构成变更实质性条款。
合同双方的约定：如果合同中已经明确约定了结算方式可以变更的条件和程序，且变更符合这些条件和程序，那么该变更可能不构成违约行为。但如果合同中没有相关约定，或者变更不符合约定条件，那么则可能构成变更实质性条款。
行业惯例与交易习惯：在某些行业中，结算方式的变更可能被视为常见的交易习惯或行业惯例。如果合同双方都遵循这些惯例或习惯进行变更，且没有引发争议，那么该变更可能不被视为变更实质性条款。
四、建议与措施
仔细审查合同条款：在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于结算方式、变更条件等方面的约定，确保合同条款明确、具体、无歧义。
及时沟通协商：如果合同双方需要变更结算方式，应及时进行沟通协商，达成一致意见，并签订书面变更协议，以避免后续纠纷。
寻求法律帮助：如果合同双方对结算方式的变更存在争议，且无法自行解决，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决纠纷。
如有具体合同纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律建议。