在工程项目内容发生变化时，选择出具变更单还是签订补充协议，主要取决于变更的性质、范围以及双方当事人的约定和法律规定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 变更单的适用情况：

   • 变更内容较小：如果工程项目内容的变更相对较小，不涉及合同主要条款的修改，且双方对变更内容无异议，那么出具变更单是一种较为简便、高效的方式。变更单通常用于记录工程变更的具体内容、变更原因、变更后的工程量或费用等，并作为原合同的附件或补充文件。
   • 快速响应需求：在施工过程中，有时会出现需要立即进行的小范围变更，此时出具变更单可以迅速响应需求，避免因等待签订补充协议而延误工期。

2. 补充协议的适用情况：

   • 变更内容较大或涉及合同主要条款：如果工程项目内容的变更较大，涉及合同主要条款的修改（如工程范围、工期、质量标准、价款等），或者双方对变更内容存在争议，那么签订补充协议是更为稳妥的选择。补充协议是对原合同的修改或补充，具有与原合同同等的法律效力，能够明确双方的权利和义务，避免后续纠纷。
   • 需要法律保障：对于重要的工程变更，双方可能希望获得更强的法律保障。签订补充协议可以确保变更内容得到法律的认可和保护，为双方提供更为可靠的权益保障。

3. 法律建议：

   • 明确变更流程：无论选择出具变更单还是签订补充协议，双方都应在合同中明确变更的流程、审批权限、变更内容的确认方式等，以确保变更的合法性和有效性。
   • 保留相关证据：在变更过程中，双方应保留好与变更相关的所有证据，如变更单、补充协议、会议纪要、往来函件等，以备后续可能出现的纠纷时使用。
   • 及时沟通协商：在变更发生时，双方应及时沟通协商，明确变更内容、费用、工期等关键要素，避免因信息不对称或沟通不畅而导致后续纠纷。

4. 可能的法律后果：

   • 如果未按照约定或法律规定处理变更：可能导致变更内容无效，双方仍需按照原合同履行义务，甚至可能引发纠纷和诉讼。
   • 如果变更处理不当：可能影响工程进度、质量和成本，给双方带来不必要的损失。

综上所述，在工程项目内容发生变化时，双方应根据变更的性质、范围以及合同约定和法律规定，选择出具变更单或签订补充协议来处理变更事宜。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。