工程重大变更时，双方是可以签订补充协议来约定付款进度的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
法律背景与依据
在建设工程领域，工程变更是一个常见的现象，可能由于设计调整、现场条件变化、业主需求改变等多种原因引发。当工程发生重大变更时，原有的合同条款，特别是关于工程款支付的部分，可能无法适应新的工程情况。此时，双方通过签订补充协议来重新约定付款进度，是合法且合理的做法。
补充协议的法律效力
补充协议作为原合同的组成部分，具有与原合同同等的法律效力。只要补充协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，那么该补充协议就是有效的。因此，在工程重大变更的情况下，双方签订的关于付款进度的补充协议，只要满足上述条件，就是具有法律效力的。
签订补充协议的注意事项
明确变更内容：在签订补充协议前，双方应明确工程变更的具体内容，包括变更的范围、程度、影响等，以便在补充协议中准确约定付款进度。
协商一致：补充协议的签订应基于双方的协商一致。任何一方不得强迫另一方接受不合理的付款进度安排。
书面形式：为了确保补充协议的法律效力，双方应将其以书面形式固定下来，并签字盖章。口头协议在发生纠纷时往往难以证明，因此不建议采用。
符合法律法规：补充协议的内容应符合相关法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，付款进度的安排应合理，不得损害施工方的合法权益。
可能的法律后果
如果双方在工程重大变更后未签订补充协议，而是继续按照原合同约定的付款进度执行，那么可能会因工程实际情况与合同约定不符而产生纠纷。例如，施工方可能因工程变更导致成本增加，而业主方仍按照原合同约定的付款进度支付工程款，从而引发付款纠纷。此时，如果双方无法协商解决，可能需要通过法律途径来解决争议。
而如果双方签订了合法有效的补充协议，并按照协议约定的付款进度执行，那么就可以有效避免上述纠纷的发生。即使发生争议，双方也可以依据补充协议的约定来寻求解决方案。
建议：在工程发生重大变更时，双方应及时沟通协商，签订合法有效的补充协议来约定付款进度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。