中标后另行签订合同改变计价方式，该合同的效力以及违约条款的效力需分情况讨论：
一、合同效力
若双方协商一致且不违反法律法规强制性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。中标后，双方另行签订合同改变计价方式，如果这是双方真实意思的表示，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这份合同是有效的。
- 举例：比如，原中标合同中约定的计价方式是固定总价，但双方在实际履行过程中，由于工程量发生较大变化，经协商一致，改为按实际工程量结算，并签订了新的合同，这种改变是合法的，新合同有效。
若存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形：
- 如果一方在签订新合同时存在欺诈、胁迫等行为，或者双方恶意串通，损害国家、集体或第三人利益，那么这份合同是无效的。
- 举例：比如，一方利用对方对合同条款的不了解，故意隐瞒重要信息，诱使对方签订对自己不利的合同，这种合同就是无效的。
若违反招投标法等强制性规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》的规定，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。如果另行签订的合同改变了原中标合同的实质性内容，如计价方式、工期、质量标准等，且没有合法的理由，那么这份合同可能因违反法律强制性规定而无效。
- 举例：比如，原中标合同中明确约定了计价方式为综合单价法，但双方另行签订的合同却改为总价包干，且没有合理的解释或变更理由，这种改变就可能被视为违反了招投标法的规定，新合同无效。
二、违约条款效力
合同有效时违约条款的效力：
- 如果另行签订的合同是有效的，那么其中的违约条款也是有效的。一旦一方违反合同约定，另一方就有权依据违约条款要求对方承担违约责任。
- 举例：比如，新合同中约定了如果一方未按约定时间支付工程款，需支付一定比例的违约金，那么当一方确实未按时支付时，另一方就有权要求其支付违约金。
合同无效时违约条款的效力：
- 如果另行签订的合同是无效的，那么其中的违约条款通常也是无效的。因为违约条款是合同的一部分，合同无效时，其所有条款（包括违约条款）通常也无效。但是，如果违约条款本身不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方在合同无效后仍有需要履行的义务（如返还财产、赔偿损失等），那么这些义务可能仍然受到法律的保护。
- 举例：比如，虽然新合同因违反招投标法而无效，但如果双方在合同中约定了因一方原因导致合同无效时需赔偿对方损失的条款，且该条款不违反法律强制性规定，那么当一方确实因自身原因导致合同无效时，另一方就有权要求其赔偿损失。
建议：在实际操作中，中标后另行签订合同改变计价方式需谨慎处理。双方应充分协商，确保新合同的合法性和有效性。同时，对于违约条款的设置也应合理合法，以避免不必要的法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。