结论：当中标后双方签订的施工合同严重背离中标文件时，结算应优先以中标文件为准进行。若合同与中标文件存在实质性差异，且该差异影响了工程价款等核心条款，则合同中的相关条款可能被认定为无效，结算时应依据中标文件及实际履行情况综合确定。
详细分析：
中标文件的法律效力：
- 中标文件是招标投标活动的核心成果，它明确了中标人的投标报价、工期、质量标准等关键条款，是双方签订施工合同的基础。
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，中标文件对招标人和中标人具有法律约束力，双方应当按照中标文件的内容签订合同。
施工合同与中标文件的背离：
- 如果施工合同在签订过程中严重背离了中标文件，特别是涉及工程价款、工期、质量标准等核心条款的变更，这种背离可能构成对招标投标活动公平、公正原则的违反。
- 在这种情况下，合同中的相关条款可能因违反法律强制性规定而被认定为无效，或者因显失公平而被撤销或变更。
结算的依据：
- 以中标文件为准：在合同与中标文件存在实质性差异的情况下，结算时应优先以中标文件为准。这是因为中标文件是双方真实意思的表示，且经过了招标投标程序的严格审查。
- 实际履行情况：除了中标文件外，结算时还应考虑实际履行情况。如果双方在实际履行过程中对某些条款进行了变更，并且这种变更是基于双方协商一致且不违反法律强制性规定的，那么这种变更也应被纳入结算的考虑范围。
- 司法实践：在司法实践中，法院或仲裁机构在处理此类纠纷时，通常会综合考量中标文件、施工合同以及实际履行情况等因素，以确定最终的结算依据。
可能的法律后果：
- 如果施工合同严重背离中标文件，且该背离影响了工程价款等核心条款，那么中标人或招标人可能因此遭受经济损失。
- 在这种情况下，受损方有权要求对方承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
- 同时，如果合同中的相关条款被认定为无效或被撤销，那么双方应根据实际情况重新协商确定结算方式，或者通过法律途径解决纠纷。
建议：
- 在签订施工合同前，双方应仔细核对中标文件与合同条款的一致性，确保合同内容符合中标文件的要求。
- 如果在实际履行过程中需要对合同条款进行变更，双方应签订书面变更协议，并明确变更的内容、原因及责任承担等事项。
- 在发生结算纠纷时，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
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