中标后签订的合同修改了招标文件中的合同的违约责任条款，并不一定属于订立背离合同实质性内容的协议，这需要根据具体情况来判断。以下从几个方面进行详细分析：

1. 实质性内容的界定：

   • 根据相关法律法规，合同的实质性内容通常指的是那些对合同双方权利义务产生重大影响，或者涉及合同目的、主要条款等核心要素的内容。违约责任条款无疑是合同中的重要部分，但它是否构成“实质性内容”的背离，还需结合具体情境判断。
   • 如果修改后的违约责任条款并未改变合同的基本性质、目的或主要权利义务关系，只是对违约责任的承担方式、程度等进行了合理调整，那么这种修改可能不被视为背离合同实质性内容。

2. 修改的必要性与合理性：

   • 在合同签订过程中，双方可能会基于各种实际考虑（如市场变化、风险评估等）对违约责任条款进行修改。如果这种修改是出于合理且必要的考虑，并且双方对此达成了一致意见，那么这种修改是合法的。
   • 例如，如果招标文件中的违约责任条款过于严苛，导致中标方在履行合同过程中面临过大的风险，那么双方协商修改这些条款以平衡风险，可能是合理且必要的。

3. 法律后果与合规性：

   • 如果修改后的违约责任条款被认定为背离了合同实质性内容，那么这种修改可能面临法律上的无效或可撤销风险。此外，还可能引发合同纠纷，甚至导致合同无法履行。
   • 因此，在修改违约责任条款时，双方应确保修改内容符合法律法规的规定，不损害国家、社会公共利益或第三方的合法权益。同时，修改过程应遵循公平、自愿、诚实信用的原则，确保双方意思表示真实一致。

4. 实际操作建议：

   • 在中标后签订合同时，如果双方需要对招标文件中的违约责任条款进行修改，建议先进行充分的沟通和协商，确保修改内容合理且必要。
   • 修改过程中，可以寻求专业法律人士的帮助，以确保修改内容符合法律法规的规定，并避免潜在的法律风险。
   • 修改完成后，双方应仔细审查合同内容，确保所有条款均符合双方的真实意愿和合同目的。

总结来说，中标后签订的合同修改招标文件中的违约责任条款，并不必然构成背离合同实质性内容。关键在于修改是否合理、必要，并且是否符合法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。