中标后对违约条款进行修改，通常属于实质性变更。以下是对此问题的详细分析：
一、法律对实质性变更的界定
根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条的规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且双方不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。合同的实质性条款，包括但不限于合同标的、数量、质量、价款或报酬、履行期限、地点和方式等，是合同的核心内容，直接影响当事人的权利义务关系。违约条款作为合同的重要组成部分，通常也被视为实质性条款的一部分，因为它直接关系到合同违约时的责任承担和救济方式。
二、违约条款修改属于实质性变更的理由
影响合同权利义务：违约条款的修改会直接改变合同双方在违约情况下的权利和义务，从而影响合同的平衡性和公平性。例如，如果修改后的违约条款减轻了违约方的责任，那么这将对守约方造成不公平，因为守约方原本期望通过违约条款获得一定的保障。
破坏招投标原则：招投标活动的核心原则是公平、公正和公开。如果允许中标后随意修改违约条款，那么这将破坏招投标活动的原则，损害其他投标人的合法权益，并扰乱市场竞争秩序。因为其他投标人可能基于原有的违约条款来制定自己的投标策略和报价。
三、特殊情形下的变更可能性
尽管法律原则上禁止擅自变更合同实质性内容，包括违约条款，但在某些特殊情况下，经过法定程序和相关方的同意，对违约条款进行变更成为可能。这些特殊情况通常包括：
客观情况发生重大变化：如国家政策调整、原材料价格大幅波动等不可抗力因素导致的合同履行困难。在这种情况下，双方可以协商变更合同，包括违约条款，以适应新的客观情况。但变更内容必须不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
双方协商一致：在平等、自愿、充分协商的基础上，双方当事人也可以对违约条款进行变更。但这种变更必须遵循法定程序，如签订书面的变更协议，并确保变更后的合同仍然符合原招投标的要求和目的。
四、法律建议
谨慎对待违约条款的修改：中标后，双方应谨慎对待违约条款的修改。除非存在特殊情况且经过法定程序和相关方的同意，否则不应随意修改违约条款。
遵循法定程序：如果确实需要修改违约条款，双方应遵循法定程序进行协商和变更。这包括签订书面的变更协议、重新审查合同主体的资质和能力、确保变更后的合同仍然符合原招投标的要求和目的等。
寻求法律帮助：在修改违约条款或处理相关合同纠纷时，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以提供专业的法律意见和指导，帮助双方合法合规地处理合同变更和纠纷解决事宜。
综上所述，中标后对违约条款进行修改通常属于实质性变更，应谨慎对待并遵循法定程序进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。