关于“在分公司签合同，从总公司发工资”的问题，结论前置如下：
- 若分公司不具有独立法人资格：则总公司发工资是合法的，且符合一般操作惯例。
- 若分公司具有独立法人资格：则需严格按照合同约定履行，若合同未明确约定总公司发工资，则可能引发法律纠纷，建议通过合同补充协议或内部规定明确支付安排。
法律分析：
分公司法人资格的影响
- 不具有独立法人资格：分公司作为总公司的附属机构，其民事责任由总公司承担。因此，分公司签订的合同，总公司有权也有责任进行履行，包括工资的发放。这种操作在法律上是允许的，且在实际操作中较为常见，有助于总公司统一财务管理和资金调配。
- 具有独立法人资格：若分公司具备独立法人资格，则其应独立承担责任，包括合同履行和工资支付。此时，若合同未明确约定总公司发工资，总公司直接代发分公司员工的工资可能构成对合同相对性原则的违反，引发法律纠纷。
合同约定的重要性
- 无论分公司是否具有独立法人资格，都应在劳动合同中明确工资发放的主体、方式及时间等关键条款。这不仅是保障劳动者合法权益的需要，也是避免潜在法律风险的重要措施。
- 对于总公司代发分公司工资的情况，更应在合同中明确约定，并向员工充分说明，以确保员工的知情权和同意权。例如，可以在合同中增加一条：“员工的工资由总公司统一发放，但员工的劳动关系仍与分公司存在，分公司承担相应的管理责任。”
实际操作的合理性
- 在实际操作中，总公司出于统一财务管理、资金调配等考虑，可能会选择代分公司发放工资。这种做法在分公司不具有独立法人资格的情况下是合理的，但也应遵循相关法律法规和合同约定。
- 同时，为确保操作的合法性和合规性，建议公司在实施此类安排前进行充分的法律审查，确保所有操作均符合法律法规要求。例如，可以咨询专业律师或法律顾问，对合同条款进行审查和完善。
风险防范与建议：
- 明确法人资格：在签订劳动合同前，应首先确认分公司的法人资格状态，以确保合同的有效性和合法性。可以通过查询公司登记信息或咨询相关部门来确认分公司的法人资格。
- 完善合同约定：在劳动合同中详细约定工资发放的主体、方式、时间及变更条件等关键条款，确保双方权益得到充分保障。例如，可以明确约定在特定情况下（如分公司财务困难时），总公司可以代发工资，并明确代发的期限和条件。
- 加强沟通说明：对于总公司代发分公司工资的情况，应向员工进行充分说明和解释，确保员工对此表示理解和接受。可以通过召开员工大会、发布通知或个别沟通等方式进行说明。
- 建立内部管理制度：公司应建立健全的内部管理制度和财务流程，明确总公司和分公司之间的财务管理和责任划分，避免产生内部纠纷。例如，可以制定《工资发放管理办法》，明确工资发放的流程、责任人和监督机制。
法律依据：
- 《中华人民共和国公司法》第十三条：公司可以设立子公司。子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。公司可以设立分公司。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
- 《中华人民共和国民法典》第四百六十五条：依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
综上所述，在分公司签合同，从总公司发工资是否可行，主要取决于分公司的法人资格及合同约定。若分公司不具有独立法人资格，则总公司发工资是合法的；若分公司具有独立法人资格，则需严格按照合同约定履行。在实际操作中，建议公司根据具体情况进行法律审查，并完善合同约定和内部管理制度，以降低法律风险并保障公司利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。