结论：工资由分公司发放是否可行，主要取决于合同中的具体约定以及分公司的法律地位和授权情况。
分析说明：
合同约定：
- 如果甲方与对方签订的合同中明确约定了工资由分公司发放，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种安排是可行的。合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律，双方可以自由约定合同内容。
分公司的法律地位和授权：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，但其可以在总公司的授权范围内进行经营活动。如果分公司得到了总公司的明确授权，可以代表总公司发放工资，那么这种安排也是合法的。
- 然而，如果分公司没有得到总公司的授权，或者超越了授权范围，擅自发放工资，那么这种行为可能构成无权代理或越权行为，可能会引发法律纠纷。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，为了确保工资发放的合法性和有效性，建议甲方在合同中明确约定工资发放的主体、方式、时间等关键条款，并确保分公司得到总公司的充分授权。
- 同时，甲方还应保留好相关证据，如合同文本、授权文件、工资发放记录等，以备不时之需。
可能后果及建议：
- 如果合同有明确约定且分公司有授权：工资由分公司发放是合法且有效的，双方应按照合同约定履行各自义务。
- 如果合同没有明确约定或分公司没有授权：工资由分公司发放可能引发法律纠纷。此时，建议甲方及时与对方沟通协商，明确工资发放的主体和方式；如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决争议。
特殊场景：
- 如果分公司是独立核算的分支机构，且在经济上相对独立于总公司，那么在实际操作中，分公司发放工资可能更为便捷和高效。但即便如此，也仍需确保合同中有明确约定且分公司得到总公司的充分授权。
行动建议：
- 在签订合同时，务必明确约定工资发放的相关条款，包括发放主体、方式、时间等。
- 确保分公司得到总公司的充分授权，并保留好相关授权文件。
- 在实际操作中，保留好工资发放记录等相关证据，以备不时之需。
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