施工单位总公司签的合同，在符合一定条件下，是可以由分公司来履行的，这一行为在法律上通常是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与分公司法律地位
《中华人民共和国公司法》第十四条：公司可以设立分公司，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这一规定明确了分公司的法律地位，即分公司是总公司的分支机构，不具备独立的法人资格，但其民事行为（包括合同履行）的法律后果由总公司承担。
《民法典》相关规定：合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。分公司作为总公司的分支机构，在经营范围内有权以自己的名义从事民事活动，包括履行总公司签订的合同义务。这种履行行为视为总公司的行为，其法律责任由总公司承担。
二、合法性分析
合同效力：总公司与发包方签订的合同，只要符合法律规定的合同生效要件（如双方真实意思表示、不违反法律法规强制性规定等），即为有效合同。该合同对总公司和发包方具有法律约束力。
履行义务：分公司作为总公司的分支机构，在总公司授权或指示下，可以履行合同中的义务。这种履行行为是合法的，且视为总公司的行为。
责任承担：如果分公司未能按照合同约定履行义务，导致违约或侵权责任的，由总公司承担相应责任。发包方可以要求总公司承担责任，也可以基于分公司的实际履行情况，要求分公司直接承担责任（但最终责任仍由总公司承担）。
三、实际操作中的注意事项
明确授权：总公司应明确授权分公司履行合同义务的具体范围和权限，确保分公司在授权范围内行事。这可以通过书面授权委托书的形式进行，以避免后续纠纷。
资质审查：发包方在与施工单位签订合同时，应审查总公司和分公司的资质证书，确保它们具备履行合同所需的资质和能力。特别是分公司，如果其要独立履行合同义务，必须具备相应的施工资质。
合同条款：合同中应明确约定由分公司履行合同义务的相关条款，包括分公司的名称、地址、联系方式等信息，以及违约责任和争议解决方式等。这有助于明确双方的权利义务，减少后续纠纷。
通知与确认：即使合同中没有明确约定由分公司履行合同义务，但如果合同相对方（发包方）同意这一安排，并且这一变更不会对合同相对方造成不利影响，那么这种操作也是合法的。为避免不必要的纠纷，总公司应书面通知合同相对方，明确告知分公司履行合同义务的范围、方式等事项，并取得合同相对方的确认。务必保留好相关证据，如书面同意、电子邮件等。
四、可能的风险与应对
资质不符风险：如果分公司不具备相应的施工资质而履行合同义务，可能面临行政处罚，甚至导致合同无效或履行困难。因此，在安排分公司履行合同前，务必确保其具备相应的资质。
责任承担风险：虽然分公司的民事责任最终由总公司承担，但如果分公司因管理不善或故意违约导致损失扩大，总公司可能面临更大的经济赔偿责任。因此，总公司应加强对分公司的监督和管理，确保其妥善履行合同义务。
总结与建议：施工单位总公司签的合同，在符合一定条件下（如明确授权、资质审查、合同条款明确等），是可以由分公司来履行的。这一行为在法律上通常是合法的。但为确保合同的顺利履行和避免潜在的法律风险，建议在合同签订及履行过程中严格遵守相关法律法规及合同约定，并加强与合同相对方的沟通与协作。如果您在合同纠纷领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。