公司因虚列工资被异议申诉，公司应积极应对，采取合法合规的措施来解决问题，以避免可能的法律风险和处罚。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、法律背景与风险
虚列工资的法律性质：
- 虚列工资可能构成虚假申报、逃税或欺诈等违法行为，具体取决于虚列工资的目的和后果。如果虚列工资是为了逃避税收、骗取社会保险待遇或其他非法目的，那么这种行为将受到法律的严厉制裁。
可能的法律后果：
- 公司可能面临税务部门的罚款、滞纳金等行政处罚。
- 如果虚列工资行为构成犯罪，公司及其相关责任人员还可能面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。
- 此外，虚列工资还可能影响公司的信誉和声誉，对公司的长期发展造成不利影响。
二、应对策略与建议
立即停止虚列工资行为：
- 公司应立即停止所有虚列工资的行为，确保工资发放的真实性和合法性。
自查自纠，主动整改：
- 公司应对过去的工资发放情况进行全面自查，发现虚列工资的问题后，应主动向税务部门或其他相关部门报告，并积极配合调查。
- 同时，公司应制定整改措施，确保今后工资发放的合规性。
积极应对异议申诉：
- 如果公司已经收到税务部门或其他相关部门的异议申诉，应积极应对，按照要求提供相关证据和资料，说明工资发放的真实情况。
- 在应对过程中，公司应保持与相关部门的良好沟通，积极配合调查工作，争取从轻或减轻处罚。
加强内部管理，完善制度：
- 公司应加强内部管理，完善工资发放制度，确保工资发放的透明度和合规性。
- 同时，公司应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识，避免类似问题的再次发生。
三、特殊情况处理
如果虚列工资行为已经构成犯罪：
- 公司应立即咨询专业律师，了解可能的法律后果和应对策略。
- 在律师的指导下，公司应积极配合司法机关的调查工作，争取从轻或减轻处罚。
如果公司因虚列工资行为已经受到行政处罚：
- 公司应认真吸取教训，加强内部管理，确保今后不再发生类似问题。
- 同时，公司可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如申请行政复议或提起行政诉讼等。
最后，我建议公司在处理此类问题时务必谨慎行事，确保所有行为都符合法律法规的要求。如果公司有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据公司的具体情况提供有针对性的法律建议和解决方案。