如果发现公司多报了您的工资导致个税扣税过多，您可以按照以下步骤来处理这个问题，确保自己的权益得到保障：
一、确认扣税信息
首先，您需要仔细核对工资条、银行账户明细以及税务部门提供的纳税证明等文件。通过对比实际收入与应税金额，确认是否存在多扣税的情况。这是后续处理的基础，确保您的申诉有据可依。
二、与公司内部沟通协商
与财务部门沟通：
- 您应直接联系公司的财务部门，指出个税申报中可能存在的错误，并提供工资条、银行流水等证据来支持您的主张。
- 要求财务部门核实并调整申报记录，确保个税申报的准确性。
与上级领导或人力资源部门反馈：
- 如果财务部门未能解决问题，您可以向直接上级领导或人力资源部门反映情况，说明多报个税对个人权益的影响。
- 请求公司内部进行调查和处理，确保问题得到妥善解决。
保留沟通记录：
- 在整个沟通过程中，务必保留所有与公司的沟通记录，包括邮件、聊天记录、通话记录等，作为后续申诉的证据。
三、向税务机关投诉举报与申请退税
准备材料：
- 身份证明、收入证明材料（如工资条、银行流水、劳动合同）、申报记录证明等，这些材料将用于证明您的申诉理由。
投诉举报途径：
- 您可以选择网上投诉，登录当地税务机关官方网站，在投诉举报板块提交申诉及所需材料。
- 或者前往税务机关办税服务厅或投诉举报接待窗口进行现场投诉。
- 还可以拨打纳税服务热线（如12366），描述问题并提供必要信息。
申请退税：
- 如果税务机关确认多扣了个税，您可以按照税务机关的规定填写并提交退税申请，同时提供相关证明文件和资料。
- 退税申请经审核通过后，税务机关将按规定程序进行退税，确保您的经济损失得到补偿。
四、寻求劳动监察部门的帮助
- 如果公司多报工资个税的行为与其他劳动权益问题相关联，或违反劳动法律法规，您可以向劳动监察部门寻求帮助。
- 提交申诉材料，包括个人身份证明、劳动合同、工资条、银行流水、个税申报记录等，并详细陈述问题。
- 劳动监察部门将依法对公司行为进行调查，并根据调查结果作出处理决定，维护您的合法权益。
五、申请劳动仲裁或提起诉讼
劳动仲裁：
- 如果无法通过协商或其他行政途径解决，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提交仲裁申请书，明确陈述仲裁请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
- 仲裁委员会将进行案件受理、审理，并作出仲裁裁决。如对裁决不服，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。
诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，您可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 准备起诉状、证据材料等，向人民法院立案庭提交起诉材料。
- 人民法院将安排开庭审理，并根据事实和法律作出判决。如对一审判决不服，可提起上诉；判决生效后，公司未履行义务，可申请强制执行。
六、在个人所得税APP中申诉
- 您还可以登录个人所得税APP，进入“我要查询”模块，找到对应的申报记录。
- 对存在异议的申报记录进行申诉，选择申诉类型并填写相关申诉理由，附上证据材料。
- 税务机关将对申诉进行审核，如申诉成功，相关信息将被更正或删除，确保您的个税申报准确无误。
在整个申诉过程中，请保持冷静和理性，遵循规定的程序和要求进行操作，并妥善保留所有相关证据和资料。如有必要，可咨询专业律师以获取更详细的法律指导和援助。希望这些建议能帮助您妥善解决公司多报工资导致个税扣税过多的问题。