当公司存在虚假申报员工工资的情况，并且已经被申诉时，作为员工，你可以按照以下步骤来处理这一问题，以维护自己的合法权益：
一、明确法律依据与责任
首先，要了解公司虚报员工工资是违法行为，它违反了《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及相关的税务法规。这些法律法规明确了公司与员工之间的薪酬关系，并规定了公司应承担的法律责任，包括但不限于责令改正、行政处罚、补缴税款及滞纳金等。
二、收集并准备证据
在采取任何行动之前，收集充分的证据是至关重要的。你需要准备以下材料：
- 工资单与银行流水：对比两者金额，不一致的地方即为关键证据。
- 劳动合同：核查合同中约定的工资标准与实际发放情况是否相符。
- 公司内部文件：如工资调整通知、奖金规定等，这些文件可能证明公司未支付的款项。
- 证人证言与录音录像：在合法的前提下，收集同事的证词或与公司沟通的录音录像，作为辅助证据。
- 书面投诉记录：如果你之前已经向公司提出过书面投诉，保留好这些记录及公司的回复。
确保所收集的证据真实有效，能够形成完整的证据链，以支持你的主张。
三、选择投诉途径与流程
根据具体情况，你可以选择以下途径进行投诉：
向劳动监察部门投诉：
- 携带身份证、劳动合同、工资支付记录等材料，前往当地劳动监察机构提交投诉表，或通过线上平台提交电子材料。
- 劳动监察部门将立案查处，进行实地调查，查阅相关材料，并可能与你和公司进行谈话询问。
- 处理结果可能包括责令公司改正、行政处罚等。
向税务部门投诉（如果涉嫌偷税漏税）：
- 向税务部门提供检举线索，评估后展开调查。
- 税务部门将检查公司的账簿与资料，调取银行流水等。
- 处理结果可能包括补缴税款与滞纳金、行政处罚（在严重情况下可能涉及刑事责任）。
向工会反映情况：
- 如果公司有工会组织，你可以请求工会介入协调，寻求帮助和支持。
四、采取法律途径维权
如果投诉后问题仍未得到解决，你可以考虑采取以下法律途径：
申请劳动仲裁：
- 向当地劳动争议仲裁委员会提起申请，要求公司支付虚报的工资及赔偿金。
- 提交仲裁申请书，写明诉求、事实理由及证据清单。
- 等待仲裁委员会受理通知，并参加庭审提交证据。
- 仲裁委员会将在一定期限内作出裁决书。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意或仲裁委员会不予受理，你可以向人民法院提起诉讼。
- 委托专业律师协助准备诉讼材料，确保你的权益得到充分维护。
五、员工权益补偿
在维权过程中，你可以要求公司进行以下补偿：
- 补发工资：公司需按实际应发工资数额补发少发部分。
- 支付赔偿金：如果因虚报工资导致你其他损失（如社保、公积金受影响），你有权要求公司进行赔偿。在公司逾期不支付劳动报酬且经劳动行政部门责令后仍不支付的情况下，公司还需加付赔偿金。
六、注意事项与建议
在处理这一问题时，你需要注意以下几点：
- 保持冷静理智：避免采取过激行为或言辞，以免影响维权效果。
- 保护个人信息安全：在收集证据和投诉过程中，注意保护自己的隐私和信息安全。
- 及时咨询专业律师：如果你不熟悉法律程序或法规，建议及时咨询专业律师，以获得更专业的指导和帮助。
综上所述，面对公司虚假申报员工工资的问题，你应明确法律依据、收集充分证据、通过正规途径投诉并依法维权。同时，注意保护个人信息和及时咨询专业律师，以确保自身权益得到有效维护。