公司虚假申报工资被发现后，将面临多重法律后果，同时员工也应积极采取措施维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：

一、公司可能面临的法律后果

1. 行政责任

   • 税务部门处罚：

     • 补缴税款及滞纳金：税务机关发现公司虚假申报员工工资后，会要求公司补缴少缴的个人所得税及相应滞纳金。滞纳金按每日万分之五计算，从滞纳税款之日起算。
     • 罚款：税务机关可根据情节轻重对公司处以罚款，一般为不缴或少缴税款的百分之五十以上五倍以下。例如，若公司少缴税款10万元，罚款可能在5万元至50万元之间。

   • 劳动行政部门处罚：

     • 责令改正：若虚假申报涉及克扣、拖欠员工工资，劳动行政部门将责令公司限期改正，即要求公司按照实际工资标准补发工资。
     • 加付赔偿金：逾期不改的，公司将需按应付金额的百分之五十以上百分之一百以下向员工加付赔偿金。例如，若公司应补发工资1万元，逾期未改，则需加付5000元至1万元的赔偿金。

   • 其他行政处罚：

     • 根据《中华人民共和国公司法》，公司在财务会计报告上作虚假记载或隐瞒重要事实的，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能面临三万元以上三十万元以下的罚款。

2. 刑事责任

   • 如果公司虚假申报员工工资的行为构成逃税罪，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大且占应纳税额百分之三十以上的，可能处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
   • 此外，如果公司工作人员利用职务便利非法占有公司财物，还可能触犯职务侵占罪，面临更严厉的刑事处罚。

二、员工维权途径

1. 收集证据：员工应保留工资条、银行转账记录、考勤记录、工作成果文件等相关证据，以证明公司实际发放工资与申报工资的差异。这些证据是后续维权的基础。

2. 与公司沟通：首先尝试与公司进行沟通，要求纠正虚报工资行为并给予合理解释。沟通时，可以明确表达自己的诉求和依据，争取通过协商解决问题。

3. 向劳动监察部门投诉：若公司拒绝改正，员工可向劳动监察部门投诉，由其进行调查和处理。劳动监察部门有权责令公司改正违法行为，并可能对公司进行罚款等行政处罚。

4. 申请劳动仲裁：员工也可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工资差额、经济补偿等，并可要求公司承担因虚报工资导致的社保费用增加等赔偿责任。劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径，其裁决具有法律效力。

5. 提起诉讼：对劳动仲裁结果不服的员工，可向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。诉讼是最终的维权手段，但耗时较长，成本较高，因此应谨慎选择。

三、建议与总结

公司虚假申报员工工资不仅损害员工利益，也影响公司的法律合规性。因此，公司应建立健全的工资管理制度，确保工资申报的真实性和准确性。同时，员工在发现公司存在此类违法行为时，应积极采取措施维护自己的权益，必要时可寻求法律援助。

若你遇到公司虚假申报工资的情况，建议先收集证据，再与公司沟通协商。若协商无果，可及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有需要，也可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律帮助。