结论：公司起诉合作公司后，是否还会立案职务侵占，这主要取决于具体的事实情况、证据以及法律适用，不能一概而论。以下从几个角度进行详细分析：

1. 职务侵占的构成要件：

   • 职务侵占通常指的是公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
   • 在您描述的情况中，关键在于您是否利用了职务上的便利，以及是否将合作公司的钱款非法占为己有。如果这两个要素都满足，且数额达到刑事立案标准，那么理论上存在被立案职务侵占的可能性。

2. 公司起诉合作公司的性质：

   • 公司起诉合作公司，这通常属于民事纠纷范畴，可能涉及合同违约、不当得利等民事法律关系。
   • 民事诉讼的进行，并不妨碍刑事立案的进行。如果公安机关或检察机关在调查过程中发现存在职务侵占的犯罪事实，他们仍然可以依法立案侦查。

3. 证据与事实的认定：

   • 无论是民事诉讼还是刑事立案，都需要有充分的证据来支持。在您描述的情况中，关键在于是否有证据证明您利用了职务上的便利，以及是否将合作公司的钱款非法占为己有。
   • 如果合作公司能够提供充分的证据证明这一点，并且这些证据被司法机关采信，那么您可能面临职务侵占的刑事指控。

4. 法律程序与后果：

   • 如果公安机关或检察机关认为存在职务侵占的犯罪事实，并且符合立案条件，他们会依法立案侦查。
   • 一旦立案，您将面临刑事调查、可能的逮捕、起诉以及审判等法律程序。如果被定罪，您将承担相应的刑事责任，包括罚款、有期徒刑等。

5. 建议与应对措施：

   • 积极配合调查：如果面临刑事调查，应积极配合司法机关的工作，如实陈述事实，提供相关证据。
   • 寻求法律帮助：尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。律师可以为您提供法律建议，帮助您制定应对策略。
   • 准备证据材料：收集并整理与案件相关的证据材料，如合同、转账记录、聊天记录等，以证明自己的清白或减轻责任。

进一步思考：在处理此类复杂法律问题时，除了考虑法律条款和程序外，还需要考虑实际操作的可行性和风险。例如，在配合调查时，如何保护自己的合法权益；在寻求法律帮助时，如何选择合适的律师；在准备证据材料时，如何确保证据的合法性和有效性等。因此，建议您在处理此类问题时，务必谨慎行事，并寻求专业律师的协助。

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