自然人和有限责任公司合作时，若发生法人职务侵占，是否能立案，需分情况讨论：

1. 若自然人并非公司员工或未利用职务便利侵占公司财产：

   • 在此情况下，自然人的行为通常不构成职务侵占罪。职务侵占罪要求行为人必须利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有。若自然人并未在公司担任任何职务，或虽在公司但未利用职务便利进行侵占，则其行为可能构成其他犯罪，如盗窃罪或诈骗罪，但这与职务侵占罪无关，且是否能以这些罪名立案，还需根据具体案情和证据来判断。

2. 若自然人作为公司员工或利用职务便利侵占公司财产：

   • 若自然人实际担任公司职务并利用职务便利：在此情况下，如果自然人作为公司员工（包括但不限于董事、监事、经理、财务人员等），利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有，数额较大，则可能构成职务侵占罪。此时，公司或相关权利人可以向公安机关报案，公安机关在审查后认为符合立案条件的，会依法立案侦查。
   • 关于“法人职务侵占”的特别说明：实际上，“法人职务侵占”这一表述并不准确。法人作为法律上的拟制人，无法直接实施职务侵占行为。职务侵占罪的主体是自然人，特别是公司、企业或其他单位的工作人员。因此，当提到“法人职务侵占”时，我们实际上是指公司中的自然人工作人员利用职务便利侵占公司财产的行为。

法律建议：

• 对于公司而言，应建立健全的内部控制制度，加强对公司财物的监管，防止员工利用职务便利进行侵占。
• 一旦发现员工有职务侵占的嫌疑，公司应立即收集相关证据，并向公安机关报案。
• 对于自然人而言，应遵守法律法规，不得利用职务便利侵占公司财产，否则将面临法律的制裁。

可能法律后果：

• 如果自然人的行为构成职务侵占罪，将可能面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。
• 同时，自然人还需承担民事赔偿责任，即赔偿公司因职务侵占行为所遭受的损失。

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