自然人与有限责任公司合作过程中，若存在法人职务侵占行为，经侦大队在符合立案条件的情况下是可以立案的。以下从不同角度为您详细分析：
一、立案的法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》以及相关司法解释，公安机关对于涉嫌犯罪的案件，在符合立案条件的情况下，应当依法立案侦查。职务侵占罪作为刑法规定的一种犯罪行为，若自然人与有限责任公司合作过程中，法人利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有，数额较大，就可能构成职务侵占罪。此时，经侦大队作为负责经济犯罪侦查的部门，有权对此类案件进行立案侦查。
二、立案的条件
犯罪事实存在：
- 必须有证据证明法人利用职务上的便利，实施了将公司财物非法占为己有的行为。
- 这种行为必须达到数额较大的标准，具体数额标准可能因地区而异，但通常会有明确的司法解释或地方性法规进行规定。
需要追究刑事责任：
- 除了犯罪事实存在外，还需要证明该行为具有社会危害性，且应当追究行为人的刑事责任。
- 这通常意味着行为人的行为已经超出了民事纠纷的范畴，构成了犯罪。
属于经侦大队管辖范围：
- 职务侵占罪属于经济犯罪范畴，因此经侦大队作为负责经济犯罪侦查的部门，具有对此类案件的管辖权。
三、可能面临的法律后果
若立案成功：
- 经侦大队将依法进行侦查，收集证据，查明事实真相。
- 如果证据确凿，行为人将被依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。
若不立案：
- 如果经侦大队认为不符合立案条件，将不予立案。
- 此时，如果认为自己的权益受到了侵害，可以依法向其他有关部门投诉或寻求法律援助。
四、建议与注意事项
及时收集证据：
- 如果发现法人存在职务侵占行为，应及时收集相关证据，如财务记录、合同、邮件等。
- 这些证据将有助于证明犯罪事实的存在，并增加立案的成功率。
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议咨询专业律师的意见。
- 律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。不过，您现在有问题就可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
注意法律程序：
- 在报案或寻求法律援助时，应遵守法律程序，按照要求提供相关材料和证据。
- 不要采取过激或违法的行为来维护自己的权益，以免陷入更大的法律风险。