公司法人或总经理涉嫌职务侵占，不能由公司自行立案，而应由公安机关进行立案侦查。以下是对此问题的详细分析：

一、职务侵占的性质与立案主体

职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。这是一种刑事犯罪，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，刑事案件的立案侦查权属于公安机关，而非公司或个人。因此，当公司法人或总经理涉嫌职务侵占时，公司不能自行立案，而应向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。

二、公司可以采取的措施

1. 收集证据：在发现职务侵占行为后，公司应尽快收集相关证据，如财务记录、交易凭证、证人证言等，以证明职务侵占的事实和数额。这些证据将对于后续的刑事诉讼至关重要。

2. 向公安机关报案：公司应向当地公安机关报案，并提供所收集的证据。公安机关在接到报案后，将进行初步调查，并根据调查结果决定是否立案侦查。

3. 配合公安机关调查：在公安机关立案侦查后，公司应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。这有助于加快案件的侦破进程，维护公司的合法权益。

三、法律后果与预防措施

1. 法律后果：如果职务侵占行为被证实，涉案人员将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。同时，公司也有权要求涉案人员赔偿因其行为给公司造成的损失。

2. 预防措施：为了避免职务侵占行为的发生，公司应建立健全的内部控制制度，加强对财务和业务活动的监督和管理。此外，公司还应加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和道德水平。

四、特殊情况下的处理

在某些特殊情况下，如职务侵占行为涉及公司高层管理人员或数额特别巨大时，公司可能会考虑通过民事诉讼途径来追回损失。然而，这并不影响公安机关对职务侵占行为的刑事立案侦查。民事诉讼和刑事诉讼是两种不同的法律程序，它们可以并行不悖地进行。

总结来说，公司法人或总经理涉嫌职务侵占时，公司不能自行立案，而应向公安机关报案并配合其调查工作。同时，公司也应采取必要的预防措施来避免类似行为的发生。如果您或您的公司遇到此类问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。