结论前置：劳动关系的认定主要由劳动争议仲裁委员会和劳动行政部门（通常指人力资源和社会保障部门下的劳动保障监察机构）负责，两者在认定过程中各有侧重，但均旨在确保劳动者与用人单位之间的劳动关系得到准确、合法的确认。
一、劳动争议仲裁委员会在劳动关系认定中的角色
主要职责与法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动争议仲裁委员会负责依法受理和处理包括确认劳动关系在内的劳动争议案件。其作出的仲裁裁决具有法律效力，是解决劳动关系争议的重要途径。
适用情况：
- 当劳动者与用人单位就劳动关系存在争议，且无法通过协商解决时，劳动者可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。特别是未签订书面劳动合同、工伤认定等需要明确劳动关系的情况下，劳动争议仲裁委员会的裁决具有关键作用。
申请流程：
- 提交申请：劳动者需提交书面仲裁申请及副本，详细载明双方信息、仲裁请求、事实理由及证据等。
- 受理审查：仲裁委员会审查决定是否受理，并通知双方。
- 开庭审理：双方陈述观点、提供证据、质证辩论。
- 作出裁决：基于庭审和证据，仲裁委员会依法作出是否存在劳动关系的裁决。
二、劳动行政部门在劳动关系认定中的职责
主要职责：
- 劳动行政部门，特别是人力资源和社会保障部门下的劳动保障监察机构，承担着劳动监察的重要职能。在处理劳动保障监察案件时，可依法调查核实劳动关系，特别是在处理工伤认定申请时，如果劳动者与用人单位之间就劳动关系存在争议，劳动行政部门有权依职权进行调查核实。
适用情况：
- 适用于用人单位存在拖欠工资、未缴纳社会保险等违法行为，且这些行为的处理需先明确劳动关系的情况。劳动者可向企业所在地的劳动保障监察机构投诉举报，请求对劳动关系进行认定。
处理流程：
- 接受投诉举报：劳动者提供线索和材料，如工资支付记录、工作证等。
- 调查核实：劳动保障监察机构对用人单位进行调查，要求提供相关材料以核实劳动关系。
- 作出处理决定：若确认劳动关系存在，将依法对用人单位的违法行为作出处理，如责令支付拖欠工资、补缴社会保险等。
三、综合建议与指导
部门选择：
- 劳动者应根据自身情况和所在地区的具体规定，选择合适的部门进行申请和处理。如果主要是为了解决劳动关系争议，劳动争议仲裁委员会是更直接的选择；如果同时涉及用人单位的违法行为，劳动保障监察机构也是重要的投诉渠道。
证据准备：
- 无论选择哪种途径，劳动者都应准备好相关证据材料，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等，以证明双方存在劳动关系。这些证据在仲裁或调查过程中将起到关键作用。
法律保障：
- 整个过程中，劳动者的合法权益受到法律保护。如果对仲裁裁决或处理决定不服，劳动者可以依法进一步寻求司法救济，如向人民法院提起诉讼。
面对劳动关系认定的问题，劳动者应充分了解自己的权利和法律途径，积极运用法律武器来维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。