判断劳动合同合法性的部门主要是劳动争议仲裁机构和人民法院。以下是对这一问题的详细分析：
劳动争议仲裁机构：
- 职能：劳动争议仲裁机构是专门处理劳动争议的机构，包括劳动合同的合法性争议。当劳动者或用人单位对劳动合同的合法性产生争议时，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 流程：仲裁委员会会依据相关法律法规，对劳动合同的内容、签订过程、履行情况等进行全面审查，以判断其是否合法。如果仲裁委员会认为劳动合同存在违法情形，会作出相应的裁决，要求纠正或赔偿。
人民法院：
- 职能：人民法院是国家的审判机关，负责审理各类民事案件，包括劳动争议案件。当劳动争议仲裁机构作出的裁决未能满足当事人的诉求，或者当事人直接选择向法院起诉时，人民法院将介入审理。
- 流程：在审理过程中，法院会依据法律法规，对劳动合同的合法性进行独立判断。如果法院认为劳动合同违法，会作出判决，要求相关方承担法律责任。
额外建议：
- 在签订劳动合同前，劳动者和用人单位应仔细阅读合同条款，确保合同内容合法、合规。
- 如果对劳动合同的合法性存在疑问，可以咨询专业的法律人士或劳动争议仲裁机构，以获取准确的法律意见。
- 在劳动争议发生时，应及时收集证据，如劳动合同、工资单、工作记录等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。
可能涉及的法律后果：
- 如果劳动合同被认定为违法，用人单位可能需要承担支付经济补偿金、赔偿金等法律责任。
- 劳动者也可能因违反劳动合同中的某些条款（如竞业限制、保密义务等）而承担法律责任。
综上所述，判断劳动合同合法性的部门主要是劳动争议仲裁机构和人民法院。在签订和履行劳动合同过程中，双方应严格遵守法律法规，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或争议，应及时咨询专业法律人士或相关机构。