您好，关于您询问的“什么部门查公司劳动合同”的问题，我可以为您详细解答。

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，县级以上地方人民政府劳动行政部门是负责本行政区域内劳动合同制度实施监督管理的主体。这意味着，无论是市级还是旗级的人力资源和社会保障局，都承担着对公司劳动合同制度实施情况进行监督检查的职责。

具体来说，这些劳动行政部门会依法对以下实施劳动合同制度的情况进行监督检查：

1. 用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度及其执行的情况；
2. 用人单位与劳动者订立和解除劳动合同的情况；
3. 劳务派遣单位和用工单位遵守劳务派遣有关规定的情况；
4. 用人单位遵守国家关于劳动者工作时间和休息休假规定的情况；
5. 用人单位支付劳动合同约定的劳动报酬和执行最低工资标准的情况；
6. 用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况；
7. 法律、法规规定的其他劳动监察事项。

在监督检查过程中，劳动行政部门会依法进行实地勘验（查）、鉴定、询问等，并针对检查中发现的问题提出整改措施，制作下发整改通知书。同时，他们还会向社会公布监督检查结果，确保透明度和公正性。

如果劳动行政部门和其他有关主管部门及其工作人员在监督检查过程中玩忽职守、不履行法定职责，或者违法行使职权，给劳动者或者用人单位造成损害的，他们应当承担赔偿责任，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分；构成犯罪的，还会依法追究刑事责任。

因此，您可以放心，公司劳动合同的监督检查是由专业的劳动行政部门进行的，他们会依法履行职责，确保劳动合同制度的顺利实施和劳动者的合法权益。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。