结论：请假扣1000元是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断，包括请假类型、公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规等。
分析说明：
请假类型与扣款规定：
- 如果员工请的是事假，根据一般规定，事假期间公司可以不支付工资。但公司直接扣除1000元作为事假扣款，是否合法需看公司规章制度或劳动合同中是否有明确约定，且该约定不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果员工请的是病假、年假、婚假、产假等法定假期，公司通常不能随意扣款。这些假期是员工依法享有的权利，公司应按照相关规定支付工资或给予相应待遇。
公司规章制度与劳动合同：
- 公司规章制度或劳动合同中可能对请假扣款有具体规定。如果规定合法且合理，且员工在入职时已知悉并同意，那么公司按照规定扣款可能是合法的。
- 但如果规章制度或劳动合同中的扣款规定违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），或者未经员工同意擅自修改，那么这些规定可能是无效的，公司不能据此扣款。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司应按时足额支付员工工资，不得克扣或者无故拖欠。
- 如果公司扣款行为违反了这些规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣的工资及可能的赔偿金。
特殊场景：
- 如果员工因请假导致公司遭受了实际损失（如因员工请假导致项目延期、客户流失等），且公司能够证明这种损失与员工请假有直接因果关系，那么公司可能有权要求员工承担部分或全部损失。但这种情况下，公司也不能随意扣款，而应通过合法途径（如协商、诉讼等）来解决问题。
行动建议：
- 员工角度：如果认为公司扣款行为违法或不合理，可以先与公司沟通协商，要求公司说明扣款依据并出示相关规章制度或劳动合同条款。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 公司角度：应确保公司规章制度和劳动合同中的扣款规定合法且合理，并在员工入职时明确告知。在扣款前，应确保有充分的依据和证据支持扣款行为，并避免违反相关法律法规的强制性规定。
计算公式（如适用）：
- 在涉及工资扣款的计算中，通常没有固定的计算公式，因为扣款金额取决于多种因素（如请假类型、公司规章制度、劳动合同约定等）。但一般来说，如果公司扣款行为合法且合理，扣款金额不应超过员工应得工资的合理比例。
后续思考：
- 员工在请假前应了解公司规章制度和劳动合同中关于请假扣款的规定，以避免不必要的纠纷。
- 公司应定期审查和完善规章制度和劳动合同中的扣款条款，确保其合法性和合理性。
- 在处理请假扣款问题时，双方应保持沟通协商的态度，寻求合理合法的解决方案。
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