针对“请假扣工资还罚款是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、明确结论

请假扣工资并在额外罚款，在大多数情况下是不合法的。用人单位应当尊重员工的休息休假权利，并严格按照法律规定处理员工的请假事宜。

二、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》：

   • 明确规定劳动者享有休息休假的权利，同时规定用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》：

   • 细化劳动合同双方的权利与义务，要求用人单位及时足额支付劳动报酬，并对未按规定支付的行为规定了法律责任。

3. 《工资支付暂行规定》：

   • 明确列举了用人单位可以代扣劳动者工资的几种特定情形，但请假罚款并不包含在内。

三、合同约定与内部规章制度

1. 合同约定：

   • 若劳动合同中无相关约定，用人单位擅自制定罚款规则并实施，属于单方面变更劳动合同内容，该行为不合法。
   • 即使合同中有约定，若该约定违反法律法规的强制性规定，如明显不合理地加重劳动者负担或排除其主要权利，则该约定可能被视为无效条款。

2. 内部规章制度：

   • 用人单位制定的内部规章制度必须依法制定，经过民主程序并向员工公示。
   • 规章制度中可以规定请假的相关事宜及处理方式，但这不能等同于“罚款”。规章制度中的任何规定都不能违反法律法规的强制性规定。

四、特殊情况处理

在特殊情况下，如员工请假确实给用人单位造成了实际经济损失，并且用人单位能够证明该损失与员工请假行为有直接因果关系，同时事先有明确的规章制度规定在这种情况下可从工资中扣除相应赔偿费用，那么这种扣除行为可能会被认为是合理的。但需注意：

• 扣除金额不能超过法定的限制范围。
• 应通过合法途径进行追偿。
• 不能以“罚款”名义进行扣除。

五、员工权益保护

若用人单位违法扣除劳动者工资或进行不合理的罚款，劳动者有权：

• 依法向劳动行政部门投诉处理。
• 申请劳动仲裁以维护自身合法权益。

综上所述，请假扣工资并在额外罚款在大多数情况下是不合法的。用人单位应严格遵守相关法律法规，尊重员工的休息休假权利，并依法处理员工的请假事宜。在特殊情况下，如需从员工工资中扣除相应费用，也应确保行为的合法性和合理性，并避免以“罚款”名义进行。