加班费的计算基数通常应为劳动者的应发工资，而非实发工资。这一结论基于法律法规的规定以及劳动者的实际劳动收入水平，下面我将从多个角度进行详细分析：
一、应发工资与实发工资的区分
- 应发工资：指的是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的工资总额，这涵盖了基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币形式的劳动报酬，是扣除税费和其他扣款前的数额。
- 实发工资：则是劳动者实际收到的工资，即应发工资减去个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分及其他法定扣款后的余额。
二、加班费计算基数的确定原则
法律法规规定：
- 根据《关于工资总额组成的规定》及相关劳动法律法规，加班费的计算基数应当是劳动者的工资总额，即应发工资。应发工资全面涵盖了劳动者因劳动而获得的各项报酬，以其为计算基数能更准确反映劳动者的实际劳动价值和付出。
- 《劳动法》及相关法规也强调了加班费应以劳动者正常工作时间下的工资为基础进行计算，这实际上指的就是应发工资。
劳动合同与集体合同约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班费的计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，那么应按照约定执行。但需要注意的是，如果约定的基数低于法律规定的最低标准，则应按法律规定执行。
- 集体合同对加班费计算基数有规定的，也可作为确定基数的依据。企业职工一方与用人单位通过平等协商订立的集体合同，对双方均具有约束力。
实际操作与特殊情况：
- 在实际操作中，应发工资中的固定津贴、补贴等收入通常都会纳入加班费的计算基数。而实发工资由于不完全反映劳动者的全部收入情况，因此一般不作为加班费计算的基础。
- 特殊情况如劳动合同明确约定以实发工资作为加班费计算基数，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，也可能按照实发工资计算。然而，这种情况相对较少见，且需确保约定内容合法有效。
三、实例说明
假设劳动者的应发工资为每月5000元，其中包括基本工资3000元、奖金1000元、津贴1000元。在计算加班费时，若无特别约定，应以这5000元作为计算基数（具体加班费还需根据工作时长和加班情况按法定标准计算），而非扣除社保、个税等之后的实发工资。这样做更能体现劳动者的实际劳动收入和劳动价值。
四、法律建议
- 劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算基数的约定。如果合同中没有明确约定或约定不明确，可以要求用人单位进行明确说明或补充约定。
- 用人单位：应遵守法律法规的规定，合理确定加班费的计算基数，并确保按时足额支付加班费。同时，在签订劳动合同时，应明确加班费的计算方式和基数，以避免不必要的劳动纠纷。
综上所述，加班费的计算基数应为劳动者的应发工资。这一原则既符合法律法规的规定，又能确保劳动者在加班时获得与其正常工作时间下相应的劳动报酬。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。