加班工资一般应按照应发工资来计算，而非实发工资。以下是详细分析：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间、休息日或法定休假日安排工作的，应支付高于正常工作时间的工资报酬。这里的“工资”指的是劳动者的应得工资，即未扣除社保、公积金、个人所得税等费用之前的工资总额，也就是我们通常所说的应发工资。

二、应发工资与实发工资的区别

1. 应发工资：指劳动者在正常提供劳动的情况下应得的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等各项收入的总和。它是计算加班费的基数。
2. 实发工资：指劳动者实际到手的工资，是应发工资扣除社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。由于实发工资已经扣除了部分费用，因此不能作为计算加班费的基数。

三、加班工资计算的具体方法

• 员工每日加班费 = 加班工资的计算基数（应发工资）÷ 21.75 × 每日加班工时
• 员工每小时加班费 = 加班工资的计算基数（应发工资）÷ （21.75 × 8）× 每小时加班工时

举例说明： 假设某员工的应发工资为每月10,000元，某周末加班8小时，按照200%的加班费率计算，其加班工资应为： \(加班工资 = \frac{10,000}{21.75 \times 8} \times 8 \times 200\% \approx 919.54元\)

四、特殊情况与注意事项

1. 劳动合同或公司制度有明确约定：如果劳动合同或公司制度中明确约定了加班工资的计算基数，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照该约定执行。但需注意，该基数不得低于当地最低工资标准。
2. 绩效工资是否计入：如果绩效工资是劳动者正常工作时间的应得报酬，且相对稳定、按月发放，那么通常应计入加班工资的计算基数。但如果绩效工资浮动较大，且与加班无直接关联，如季度销售提成等，则可能不计入。
3. 地区差异：不同地区可能对加班工资的计算有细化规定。例如，有些地区可能要求加班工资基数不得低于劳动合同约定的工资标准，而有些地区则可能允许双方约定基数，但不得低于最低工资标准。

五、操作建议

1. 核查合同条款：优先查看劳动合同中关于加班工资基数的约定。
2. 咨询企业制度：了解公司薪酬制度或员工手册中的相关规定。
3. 保留证据：保存工资条、考勤记录等材料，以备维权时使用。
4. 协商或投诉：若认为权益受损，可与企业协商或通过劳动仲裁解决。

总结：加班工资的计算应以应发工资为基准，并依据劳动合同的约定及具体的工时制度进行确定。在计算过程中，应确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。