加班工资的计算基数应以应发工资为准，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：

一、应发工资与实发工资的区别

1. 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部工资报酬，这包括了基本工资、奖金、津贴、补贴等所有组成部分，是扣除税费和其他扣款前的总额。它全面反映了劳动者因劳动而获得的各项报酬。

2. 实发工资：则是劳动者实际到手的工资，是应发工资扣除个人所得税、社会保险费、住房公积金等费用后的净额。由于已经扣除了多项费用，实发工资并不完全反映劳动者的全部收入情况。

二、加班工资计算基数的确定原则

1. 有明确约定的情况：

   • 如果劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，那么应按照该约定执行。此基数应为应发工资的一部分或全部，包括基本工资、岗位工资、奖金、津贴等常规性收入，但不包含加班费、伙食补助和劳动保护补贴等非常规性收入。

2. 约定不明确或未约定的情况：

   • 若劳动合同没有明确约定加班工资的计算基数，但集体合同有约定的，按照集体合同的约定来确定。
   • 在劳动合同与集体合同都没有约定的情况下，通常按照劳动者正常出勤的应发工资（扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴后）作为计算基数。此时，该基数不得低于当地规定的最低工资标准。

三、加班工资的具体计算方法

加班工资的计算基数确定后，可以根据以下公式计算加班工资：

• 工作日加班：支付不低于应发工资150%的工资报酬。

  • 计算公式：\(加班工资 = 加班工资计算基数 \div 21.75 \times 150\% \times 加班天数\)（或小时数，按实际加班情况调整）

• 休息日加班：支付不低于应发工资200%的工资报酬。若不能安排补休，则按此标准支付。

  • 计算公式：\(加班工资 = 加班工资计算基数 \div 21.75 \times 200\% \times 加班天数\)（或小时数）

• 法定节假日加班：支付不低于应发工资300%的工资报酬。

  • 计算公式：\(加班工资 = 加班工资计算基数 \div 21.75 \times 300\% \times 加班天数\)（或小时数）

四、特殊情况下的加班工资计算

1. 综合计算工时制：在某一具体周期（如周、月）内超过法定工作时间的部分视为延时加班，按照不低于员工应发工资150%的标准支付加班工资。法定节假日加班的，按照不低于员工应发工资300%的标准支付加班工资。

2. 不定时工作制：一般不存在延时加班和休息日加班的情形，用人单位可不支付加班工资。但在个别地区（如上海），法定节假日工作仍视为加班，需支付300%的加班工资，计算基数同样为应发工资。

3. 计件工资制：用人单位应根据标准工时制度合理确定劳动定额和计件报酬标准。在完成计件定额任务后安排延长工作时间的，应按照不低于本人法定工作时间计件单价的相应比例（如150%、200%、300%）支付加班工资，计件单价以应发工资为基础计算。

五、法律建议

• 明确约定：为了避免纠纷，建议用人单位在劳动合同中明确约定加班工资的计算基数，并确保该基数不低于当地最低工资标准。
• 合规操作：用人单位在计算加班工资时，应严格按照法律法规执行，确保劳动者的合法权益得到充分保障。
• 及时咨询：如果劳动者对加班工资的计算有疑问或认为用人单位的计算方式不合法，可以及时向我咨询，以便维护自己的合法权益。

综上所述，加班工资的计算基数应以应发工资为准，并依据劳动合同的约定及具体的工时制度进行确定。在计算过程中，应确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。